環保署為解決縣市垃圾處理問題，積極推動垃圾處理區域合作體系，協助建立不同縣市之跨區域垃圾轉運處理模式。環保署表示，執行垃圾跨區轉運處理方式有自行清運及委外轉運兩種，為防止委外清運業者於轉運過程夾帶事業廢棄物弊端產生，該署擬訂專案稽查計畫交付環境督察總隊各區大隊及內政部環保警察隊共同執行抽查工作。
目前地方將境內垃圾委託合格清運機構轉運至其他縣市焚化廠處理者計有花蓮縣北區五鄉市、新竹縣、南投縣、台中縣梨山地區、雲林縣斗六市及西螺鎮、屏東縣琉球鄉、澎湖縣等。該等縣市依實際轉運垃圾量將清運費用支付清運業者，另焚化處理費則直接撥付焚化廠之縣市政府。
環保署並表示現階段稽查重點包括：是否以核備之清運車輛載運垃圾、裝載垃圾前車體內有否夾帶事業廢棄物、車輛行駛中是否有乘隙調包夾帶事業廢棄物之情形、清運車輛應具備必要之作業安全警示系統及防漏功能，以及車輛行駛過程有無垃圾飛散及滲出水滴落、污染路面之情形等。自97年6月至9月止由環境督察總隊暨各區大隊及內政部環保警察隊共同執行抽查工作87次，其中轉運過程查有缺失並函請地方政府改善或現場責成改善計31次，違規舉發2次。
環保署於97年10月8日召開本項專案稽查計畫執行檢討會議，再次強調垃圾處理區域合作體系之推動，有賴縣市政府全力配合環保署嚴格把關及加強業者運作之監督，才能杜絕受託轉運家戶垃圾之清除機構夾帶事業廢棄物之情事並確實遵守環保法令規定，防止污染產生，以確保垃圾跨區轉運處理之成效及提昇政府推動跨區合作政策之形象。