0612水災及海棠、瑪莎颱風陸續侵台，由於豪雨帶來豐沛雨量，造成局部地區發生嚴重淹水災情，為了確保飲用水安全，行政院環境保護署已督促各縣市環保局加強飲用水水質抽驗工作，環保署同時呼籲該地區民眾應煮沸後飲用，以確保安全。
環保署南區環境督察大隊表示，風災或豪雨過後，該大隊會於災後立即派員至淹水地區抽查飲用水水質，各地方環保單位及自來水事業單位也會投入人力加強飲用水質的管理工作。另災後因為原水濁度增高，自來水公司處理時，需要增加加氯量，也造成了自來水中消毒水味較平時為重，用戶煮沸後宜掀蓋多煮3至5分鐘，以降低消毒水味道及消毒副產物。用戶如擔心消毒水味道，也可將自來水放置一段時間（約半天）後再煮沸，可降低消毒水味道。
環保署也提醒民眾，淹水地區應檢查蓄水池是否有污水滲入，如有應清洗消毒後，才可繼續蓄水使用。飲用井水或山泉水等簡易自來水用戶，災後也應先清除水井或水池之污泥，並予以消毒後再重新使用，而且飲用水應經過煮沸後才可飲用。
為確保災後飲用水水質安全，該署將督導環保單位持續加強災後飲用水水質抽驗工作，直到原水濁度回復正常為止。