環保署配合行政院推動貿易便捷化，建置「環保業務通關簽審單證比對系統」，於97年1月22日正式上線。未來環保署許可輸出/輸入的廢棄物，報關輸出/輸入時，可直接由電腦自動進行單證比對(即報關單與輸出/輸入許可文件比對)，不再以人工方式進行單證比對，大幅縮短通關時間，亦減少政府人力支出。
環保署表示，業者填寫進出口報關單時，應注意下列事項，以利通關：
一、請使用新的進口/出口同意書號碼：廢棄物管制資訊網已自動將舊式貨品進口/出口同意書號碼轉換為新的貨品進口/出口同意書號碼，輸出入業者若發現貨品進口/出口同意書號碼已經轉換，仍請依照以往輸出入流程進行聯單申報即可。
二、請輸出入業者通知所委託之報關行填寫進出口報關單時，應注意下列事項：
（一）進口報單第30欄、出口報單第29欄「輸入/輸出許可證號碼—項次」填列新的貨品進口/出口同意書號碼(14碼)及項次(3碼)。
（二）請務必於進口報單第34欄、出口報單第32欄「數量(單位)」填寫以公噸(TNE)為單位之正確數量。
（三）進口/出口報單第28欄「貨物名稱」須依序填寫：(1)聯單編號(16碼) [境外處理國內運送聯單(四聯單)編號(輸出)/抵達本國口岸三日前申報聯單編號(輸入)]、(2)聯單內廢棄物描述之序號(取3碼)、(3)原廢棄物代碼(6碼)。舉例如下:
１、若輸出三項廢棄物，E-0213，E-0217，E-0221，而境外處理國內運送聯單(四聯單)編號為：A249508109690001，則聯單內第1項廢棄物描述之序號為：001(3碼)，廢棄物代碼為：E-0213，則「貨物名稱」項下依序填寫：A249508109690001001E-0213、A24950810969000 1002E-0217、A249508109690001003E-0221 (四聯單編號+序號+廢棄物代碼)。
２、若輸入兩項廢棄物，D-2504，D-2601，抵達本國口岸三日前申報聯單編號為：A24950810969000 2，則聯單內第2項廢棄物描述之序號：002(3碼)，廢棄物代碼：D-2601，則「貨物名稱」項下依序填寫：A249508109690002001D-2504，A249508109690002002D-2601 (抵達本國口岸三日前申報聯單編號+序號+廢棄物代碼)。
環保署呼籲相關業者，事業廢棄物輸出入實施自動化單證比對後，通關順利與否取決於填報資料的正確性，請務必依規定格式填寫進出口報關單，才能享有快捷通關的便利。