環保署為推動永續社會，加強資源物質之利用，繼購物用塑膠袋及免洗餐具限制使用政策後，推出第二波的施政重點-環保科技園區計畫。該計畫在完成縣市設置計畫評決，決定設置區位後，獲選的花蓮縣政府及高雄縣政府，已分別成立籌備處，並依環保署所組跨部會指導委員會審核意見，完成設置計畫書修正。我國首兩座生態化環保科技園區的設置工作，正式展開。
環保署所推動的環保科技園區計畫，目的是為促進再生資源回收再利用，引進環保科技廠商，激勵國內環保產業技術研究創新，以進行產業生態循環及物質循環利用，同時進行循環型永續生態城鄉建設，創造綠色技術與產品市場需求，發展核心綠色科技與產業，帶動符合產業生態循環與地方產業所需之環保技術、產業與產品，促進區域性之生產、生活與生態的平衡。除提供地方政府多項補助外，對入區廠商更提供多項優惠獎助，所以環保署去(九十一)年十月底公告甄選後，即有七個縣市提出計畫參予評選，競爭激烈。經公開甄選結果，分由高雄縣及花蓮縣取得南區及北區設置區位資格，該兩縣府日前並已依據指導委員會審核意見，完成計畫修正。
環保署表示，依高雄縣及花蓮縣所提計畫內容，未來兩座園區將各具特色。高雄縣政府屬人口較稠密、高度工業化的地區、環境負荷較高；花蓮縣政府則屬於人口較稀少、觀光自然資源豐富的地區、環境負荷較低。目前獲核定設置環保科技園區的兩個縣政府，環境本質有相當程度的差異，然而園區的發展將依據環境本質與區域特色，進行園區的規劃設計，同時結合循環型城鄉建設，而成為生態化的環保科技園區。其特色分別說明如下：
一、南部園區用地設在高雄縣岡山本洲工業區，預定用地面積約四十．一一公頃，為現有已開發之工業區，土地所有權人及管理機關均為高雄縣政府，目前委託台灣土地開發信託投資股份有限公司籌措資金及開發租售業務。配合南部地區高環境負荷情況，將來預計引進的產業，將與現有鋼鐵、金屬工業及石化產業相關聯，並朝向形成下列之共生循環資源回收與產業生態化體系為目標。包括：(１)高科技產業(半導體、光電、電腦)之共生循環與產業生態化。(２)高科技產業(生物及製藥)之共生循環與產業生態化。(３)鋼鐵及金屬加工業之共生循環與產業生態化。(４)石化業之共生循環與產業生態化。(５)資源回收處理業(資源共生循環體系)。(６)新興策略性重點環保產業。(７)解決環保問題之關聯產業。現階段已有十七家廠商簽訂投資意願書，計畫時程預計於九十二年四月三十日前公告招商，及進行園區規劃設計，七月三十日前園區動工及廠商進駐。
二、北部園區用地設在花蓮鳳林綜合產業區，預定用地面積為二二．０一公頃，土地所有權目前屬內政部營建署新生地開發局管理，配合東部自然條件及產業特色，預定引進產業將與花蓮當地的石材、水泥、礦業等相關為主，並藉由生物可分解澱粉塑膠廠商之進駐，促成群聚效應，以吸引中下游業者入區設廠，進一步帶動園區整體發展。現階段有五家公司展現高度入區意願，並已簽訂投資意願書，分別為生物可分解澱粉塑膠製品、石材廢棄物資源化、環境監測與生物晶片、玉石下腳料資源化等產業，預估入區廠商投資額為二十四億元。未來將致力於清潔與再生能源產業等產值較高產業的引進。計畫時程預計九十二年十二月一日園區正式動工，開始進行雜項工程施工，入區廠商同步動工。
目前高雄縣與花蓮縣兩縣府皆已成立園區籌備處，由縣長擔任召集人，並由環保、建設、工務、地政及法制等部門，加上當地學者專家組成，負責園區軟硬體規劃、建設及招商等相關作業。花蓮縣部分更將農業、觀光旅遊、城鄉發展等部門加入，因此可預見未來兩座園區將展現不同面貌。
環保署表示，園區設置區位已決定，相關縣市將依計畫陸續開始推展相關工作，包括園區硬體規劃建設、招商及週圍城鄉建設等。由於此類園區為國內首次推動，為協助兩縣相關工作推展，環保署將邀集兩縣府團隊推動本計畫的核心人員，連同計畫幕僚單位，包括工研院、環資會及該署廢管處人員，共同組成推動小組，定期召開會議，並同時有效掌握各項工作推展進度。
對於各界關心第三座園區的區位問題，環保署表示，依行政院原核定計畫內容，原則應於北中南各設一處園區，但上次公開甄選時，中區並無縣市參予，反而出現南部縣市競爭激烈之情形。而南部未獲選的縣市，也強烈希望，並向環保署建議，希望在南部再增設一座園區的可能。北部也有部分縣市表示，希望在東岸花蓮縣之外，於西岸增設一座園區的可能，因此第三座園區區位如何決定及未來是否擴大計畫辦理範圍，環保署表示，原則上將視兩座園區推動情形及國內外發展趨勢檢討後再決定。