環保署自76年成立以來，已近20年，歷經8任署長，初期階段著重在立法與修法，全面檢討修訂環保法令規章。法令完備之後，以經濟發展與環境保護兼籌並顧原則，加強執法與稽查，著重於嚴格控制污染源與污染量之成長，並逐步加嚴排放標準，規劃長遠的國家環保政策，從源頭減量、資源回收，積極採取預防、輔導及協助的立場，這些措施已使得台灣在污染削減、垃圾處理與環境衛生方面，較20年前有顯著的進步。
環保署於95年上半年召開「國家永續發展會議」，經25場次的縣市議題蒐集會議、6場次的環保團體區域論壇、4場次分區座談，透過由下而上的民主程序，達成269項共識結論，發展出國家永續發展願景與行動方案，環保署近期以永續發展的理念推動環保工作，以「藍天綠地，青山淨水、全民環保，永續家園」作為施政願景，各方面成效顯著，主要包括：
一、以環境改造為起點，全民運動為目標，藉由「跨部會合作整頓環境」、「宣導誘發民間社會力量」及「加強稽查取締，提高檢舉獎勵金」方式，重塑住及行的尊嚴，並設置環境髒亂點通報專屬網站，動員環保義志工隊清除及道路維護長度共1,154.93公里。
二、因應全球氣候變遷，擬訂「溫室氣體減量法」草案，業於95年9月經行政院院會審查通過，並送立法院審查。
三、持續推動環境污染削減防治
(一)重大污染及專案計畫督察管制，95年1至12月止共督察1萬4,869件，告發3,919件。
(二)限制含汞乾電池製造輸入販賣，有效減少217公斤之汞於環境中流布，相當於22萬支水銀溫度計之含汞量。
(三)推動都會區移動污染源排放空氣污染物及其他減量行動計畫， 95年PSI＞100的不良比率已由94年的4.0%改善為3.8%。
(四)賡續執行「河川及海洋水質維護改善計畫(94-96年)」，95年未受及輕度污染河川比例為72.6%，嚴重污染河段則為6.1%，較94年度之6.2%略降。
四、持續推動垃圾減量與資源循環工作
(一)自95年1月1日起全國全面實施垃圾強制分類，減量成效相當於3座新竹市焚化廠900公噸/日處理量，節省垃圾處理經費21.8億元，增加資源回收變賣所得6億元，合計實質效益達136億元。
(二)95年7月1日起推動第一階段限制產品過度包裝，預估可減少3,700公噸包裝材，包裝減量比例26％。
(三)95年1月至11月之應回收廢棄物稽核認證回收量，廢容器類34萬2,282公噸、廢機動車輛47萬1,541輛、廢鉛蓄電池3萬8,069公噸、廢輪胎8萬5,022公噸、廢電子電器物品126萬8,164台、廢資訊物品165萬9,094件等。
根據世界經濟論壇等機構聯合發布之「2006年環境績效指數」評比，台灣在133個受評比國家中排名第24名，亞太地區排名第5位，顯示我國環境績效相對卓著，環保署成立迄今已將屆20年，的確不負歷史使命，未來本署將以「永續環境及永續社會」為未來的環保願景，主要工作重點：
一、組織再造工作
現有環保署組織分工已難以進行整體性經營，與其他部會關係亦須重新調整，本署將先成立本署組織改造委員會，再進行組織調整規劃，研擬妥適組織架構與藍圖。
二、訂定「邁向永續台灣環保行動計畫」
配合行政院以繁榮、公義、永續為核心價值，研擬「邁向永續台灣環保行動計畫」，作為本署之工作重點計畫，此計畫共計有23項子計畫，藉由計畫的推動將提昇施政效率，達到內部改革的效果，更加強化與各地方政府間的夥伴關係及各民間團體合作，促進地方環境永續規劃，以達到保護環境及國民健康，邁向永續台灣的目標。