環保署為解決養豬廢水長期污染水源區飲用水水源問題，擇定五大流域中、上游地區(高屏溪、曾文溪、頭前溪、淡水河、大甲溪)為執行範圍，於89年底執行五大流域水源區養豬戶拆除補償工作。拆除補償工作完成後，環保單位持續進行查核工作，8年來水源保護區內4千多家拆除戶尚無發現復養情形，高屏溪大樹攔河堰測站（自來水取水口）之氨氮平均測值降至0.2毫克/公升左右，符合飲用水水源水質標準。
環保署表示，為落實水源保護區養豬拆除戶查核工作，環保單位採行電腦建檔列管，透過GPS定位、現場拍照存證、查核結果登錄等方式執行，完整建立查核資料，以防遺漏，經由該署及縣市環保局全面而持續的查核，至98年1月底止計查核 40,887次，有效防止已拆除養豬戶復養情形發生，對列管未申請拆除補償之養豬戶，在持續督訪協助下已完成拆除，斷絕污染來源。經查核養豬拆除戶之土地利用情形，全拆戶主要轉為種植農作物（種稻、苗圃、果園）、空地等，半拆戶主要轉為倉庫用途等。
由於五大流域水源保護區以高屏溪占總拆除養豬戶83.4%居首，並集中在高雄縣美濃鎮及屏東縣高樹鄉，該地區仍將列為本署稽查重點，並持續訪查已拆除之養豬戶，環保署呼籲拆除之養豬戶不得有重新畜養之不法行為，以維護水源水質之潔淨。