根據九十二年統計資料，全國十九座大型垃圾焚化廠於焚化過程中所產生之灰渣，其中由爐床底部排出之底渣每年約有八十五萬公噸，少部分進行資源再利用外，大部分送至掩埋場最終處置。另由廢氣處理系統收集之飛灰每年約有二十萬公噸，除臺南市焚化廠先將飛灰暫存於廠內倉庫，俟飛灰熔融廠完工運轉後以熔融處理外，其餘均經中間安定處理後，方送至各縣市環保局指定之最終處置場獨立分區掩埋，並無「各鄉鎮依比例領回飛灰後另自行處理」之情事，另飛灰處理程序為環保署對各縣市垃圾焚化廠營運查核評鑑之重點，環保署各督察大隊亦列為稽查重點。
環保署表示，有關飛灰處理之管制，依據該署九十一年十一月二十七日修正發布「一般廢棄物回收清除處理辦法」規定，焚化灰渣之飛灰應分開貯存收集，不得與底渣混合；飛灰之溶出試驗超過「有害事業廢棄物認定標準」者，得採固化法、穩定化法、熔融法或其他經中央主管機關許可之處理方法處理至符合標準，以達到限制有害成分溶出或移動，防止滲入土壤或地下水而造成污染。
環保署表示，目前除臺北縣新店、樹林、八里三座焚化廠之飛灰送至樹林飛灰中間安定處理設施處理，及臺南市焚化廠之飛灰暫存俟後以熔融處理外，其餘皆已設置有飛灰中間安定處理設施，並將飛灰先行中間安定處理後方送至最終處置場掩埋。由各焚化廠九十二年十一、十二月份所提報資料顯示，飛灰經中間安定處理後重金屬溶出濃度皆符合法規標準。
環保署表示，為有效控管廢棄物焚化後產生之灰渣，環保署已函各縣市環保局應自九十二年五月十五日起所轄垃圾焚化廠產生之灰渣均應上網申報流向。另灰渣之清運機具應於九十三年五月三十一日前完成衛星即時追蹤系統（GPS）之裝置，以落實灰渣流向追蹤及勾稽管理之工作，防止灰渣遭任意棄置。
至於大型焚化廠戴奧辛排放部分，依據環保署發布之「廢棄物焚化爐戴奧辛管制及排放標準」，大型廢棄物焚化廠焚化爐戴奧辛之排放標準值為0.1 ng-TEQ/Nm3，以及戴奧辛排放採樣及測定應達五次以上，依大小排序取中間三數值之算術平均值，主要係將其微量分析所有可能產生之檢測誤差降至最低，非任意取三個平均，另檢測數據之有效位數取至小數點第一位，以下則歸為估計值，並參考該署環境檢驗所檢測報告位數表示規定之數值修整。環保署及各縣市環保局對各大型焚化廠之戴奧辛排放檢測，其數據之處理，均依此一規定辦理，並無所謂檢測數據放水之情事。另環保署及各縣市環保局，對於大型廢棄物焚化爐戴奧辛排放之稽查向來極為重視，對於檢測不合格者，均依空氣污染防制法第五十六條規定，予以處分並限期改善，並要求大型焚化廠提高戴奧辛定期檢測頻率，由原來規定每年定期檢測一次，增加為每半年一次，以加強對大型焚化廠戴奧辛排放之管制。