921震災後土石鬆動接著雨水沖刷造成土石流，致南投縣境濁水溪上游河床砂石淤積，水利署第四河川局於90年12月進行疏浚工程至今，由於承包廠商未善盡污染防制之責，導致該地區空氣污染嚴重，民怨及抗爭連連，行政院環保署環境督察總隊中區環境督察大隊為杜絕環境污染源，本年度（94年）迄今會同內政部環保警察隊針對濁水溪沿岸附近環境污染源加強督察結果，已查獲砂石業及疏浚業者違法55件，柴油車非法使用油品者42件，均依違反環保法令規定予以告發，環保署表示稽查仍持續進行。
環保署表示，近月來民眾不斷陳情該地區因砂石車行經台16線與台3線，因疏浚業者未善盡污染防制之責，導致南投縣水里、集集、竹山等地區沿途塵土飛揚嚴重影響生活環境，經中區大隊聯合環保警察隊人力及南投縣政府環保局，針對經濟部水利署第四河川局於南投縣境河川進行疏浚工程的砂石業及砂石車所造成環境污染，不定時進行追蹤複查結果，經5個月下來，共查核砂石業及疏浚業者（含水利署第四河川局）150場次，查獲違反環保規定者告發55件，另攔檢砂石車368輛，採其柴油油品檢驗硫含量99件，超過管制標準者42件，均予以告發，並針對業者違法事實由南投縣政府依法處分並限期改善。
環保署表示由於之前疏浚砂石車行經動線為河川便道，之後因河川便道為河水沖毀，砂石車才改行經台16線與台3線，據南投縣政府表示疏浚業者承諾新建的疏浚砂石車行經便道將於94年底完工，屆時對於疏浚工程沿途之環境污染將獲得改善，目前針對該地區污染源防制工作，由南投縣政府環保局執行及監督疏浚業者認養地區設置洗街車、灑水車及洗車平台等污染防制設施，並每日持續操作維護，對於該地區環境污染改善頗具成效。
環保署強調，依空氣污染防制法規定，疏浚工程車輛造成空氣污染，可處新台幣10萬元以上100萬元以下罰鍰。疏浚工程對於環境之衝擊，中區大隊仍將會同南投縣政府環保局加強稽查，若發現違法事實，將依法嚴處，以維護環境品質。