鑑於船舶壓艙水及沉積物恐造成外來生物影響港口國海洋環境生態，並衍生微生物病源入侵危害之疑慮，環保署配合交通部辦理船舶壓艙水管理事宜，於105年1月26日公告「海洋污染防治法第3條第6款規定之排洩物質及其管理規定」及「我國領海範圍內為禁止船舶壓艙水交換之海洋管制區及其污染管制措施」。
環保署表示，國際海事組織(International Maritime Organization, IMO)已於93年通過「2004年船舶壓艙水及沉積物管理國際公約」(International Convention for the Control and Management of Ships' Ballast Water and Sediments, 2004)，該公約於達生效門檻（30個IMO會員國簽字承諾，且船舶登記載重噸位超過全世界總噸位的35%）後12個月正式生效。我國為與國際同步實施該公約，行政院104年2月11日召開「船舶壓艙水及沉積物國際公約問題與處理作法」協商會議，依會議結論交通部已於104年8月20日公告採行「2004年船舶壓艙水及沉積物管理國際公約」規定，施行日期由該部依據該公約生效日另定之。
環保署為依前述會議結論配合交通部辦理船舶壓艙水管理事宜，已依據海洋污染防治法第3條第6款、第8條第2項與第3項、第29條第1項等規定，公告「海洋污染防治法第3條第6款規定之排洩物質及其管理規定」及「我國領海範圍內為禁止船舶壓艙水交換之海洋管制區及其污染管制措施」，據以確保我國海域環境水體品質。至於二項公告生效日期，則配合交通部公告採行公約施行日期另行訂定。
環保署表示，本案二項公告內容詳載於該署網站「最新環保法規」（網址：http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx），提供各界下載參考。