為確保國人飲用水的安全，行政院環保署最近完成全國10座水庫與9處自來水原水、流程水、清水，總計抽樣314個水樣水質中微囊藻毒素及土霉味物質調查工作。結果顯示，水庫自然水體之表水五種微囊藻毒（microcystins）總含量在每公升278奈克(ng/L)以下，自來水廠入水口之原水在每公升112奈克(ng/L)以下，處理後的清水濃度在每公升65奈克(ng/L)以下，均遠低於世界衛生組織所建議飲用水水質中微囊藻毒素之指引值每公升1,000奈克（ng/L）。
環保署表示，本次調查中雖然少數水庫表水樣品之肝毒素（cylindrospermopsin、nodularin）呈陽性反應，惟微囊藻主要存於水庫表面，自來水公司原水取水位置均位於水庫水面下層中段位置，遠低於微囊藻活動範圍，故由微囊藻可能引起的毒素，不致於進入淨水處理程序，因此國人不致因飲水途徑，而暴露微囊藻毒素導致肝癌的風險。至於引起土霉味物質2-MIB（2-甲基冰片）與Geosmin（反-1,10-二甲基-反-9-萘烷醇），在抽驗41個水樣中，有39個（95﹪）水樣低於一般人嗅覺可感受的閾值10奈克(ng/L)，可感受的2個樣品，屬因季節的問題造成，尚不致於影響人體健康。
環保署表示，本調查計畫採樣地點包括基隆新山水庫、台北縣翡翠水庫、嘉義縣曾文水庫、嘉義市仁義潭與蘭潭、高雄縣澄清湖、屏東縣牡丹水庫與金門太湖、金沙、蓮湖水庫等10處水庫以及基隆市新山、台北縣直潭、嘉義市公園、蘭潭、高雄縣澄清湖、屏東縣石門、金門縣太湖、榮湖、紅山9處淨水廠。
環保署強調，飲用水品質是民眾日常生活關切事項，也是政府施政重點。依本次調查結果，可能影響健康的藻毒項目均低於世界衛生組織所建議的指引值，顯示公共供水品質已具有相當程度之安全性與穩定性。未來環保單位將持續進行飲用水水質的監測，督促自來水事業強化淨水場水質處理流程，提昇飲用水品質。