行政院環境保護署為確實掌握事業廢棄物流向，自九十一年四月四日成立「事業廢棄物流向追蹤及查核專案小組」，自專案小組成立迄今針對疑似匿報、漏報、短報或申報不實等行為者；或流向有疑問者；或廢棄物中間或最終處理者遞送聯單未確認或不接受者查察二十八項專案，稽查廠家(次)數計一、一六八次，告發家(件)數計二三九件，涉刑責移送案件計六件，另對於疑似重大污染或棄置案件，本(九十二)一月至三月協同環保警察查處違規案件，移(函)送司法機關偵辦案件計四十四件，移(函)送人數七十七人，查扣機具計十七具，違反環保法令(行政罰)計七十二件。
環保署表示，為確實掌握事業廢棄物流向，該署以專案方式針對事業機構的廢棄物產出有疑似匿報、漏報、短報或申報不實等行為者；或流向有疑問者；或廢棄物中間或最終處理者遞送聯單未確認或不接受者，由該署環境督察總隊暨所屬北、中、南三區環境督察大隊派員赴現場查察事業廢棄物流向相關資料，經查核如有發現違規者，除依法告發外，情節嚴重者且涉刑責者，移(函) 司法機關偵辦。
對事業廢棄物流向管理除以專案方式進行查察外，環保署於經常性查察時，對疑似重大污染或棄置案件，亦均協同內政部警政署環保警察隊進行監控，視時機成熟時啟動稽查行動，甚或雇用大型挖土機進行開挖，以蒐集完整事證。
環保署為有效管理事業廢棄物清理流向，依廢棄物清理法第三十一條規定要求經中央主管機關指定公告一定規模的事業，應於一定期限檢具事業廢棄物清理計畫書，送直轄市、縣(市)主管機關或中央主管機關委託的機關審查核准後，始得營運
環保署說；該工作屬事前核准的管理制定，截至本(九十二)年三月二十五日止，事業至該署事業廢棄物管制中心連線申報「事業廢棄物清理計畫書」僅占十九«三%，送審率三%，為避免事業機構逾期受罰或造成審查案件塞車，影響業者權益，環保署籲請第一批既設事業應掌握時間，於本(九十二)年五月三十日前，儘速上網申(填)報及檢具事業廢棄物清理計畫書送審；第二批、第三批既設事業務必出席第二批次「事業廢棄物清理計畫書檢具說明會」(場次已刊登於該署前開連線申報系統)，並應於本(九十二)年七月底前完成上網申(填)報作業。
環保署強調：強力稽查是遏阻違規的最佳利器，希望業者不要心存僥倖，一定要正派經營，環保署全體同仁將主動積極查察，打擊環保犯罪，貫徹公權力，為台灣這塊土地共同打拼。