位於台南縣市、高雄縣交界行水區及農業區的二仁溪違法熔煉廠，長期以來造成該地區嚴重污染，但二仁溪違法熔煉廠的拆除工作以往分由縣市各別執行，因而造成業者、執行單位互相觀望，拆除工作未能徹底落實，惟為貫徹行政院及環保署的二仁溪整治計畫中違法熔煉廠的拆除決心，林前署長及郝署長數度至現場勘查，並多次與台南縣市政府溝通協調，表達環保署捍衛二仁溪環境品質的決心與立場，二十八日環保署長郝龍斌在台南召開記者會，明確下達指示動員各相關單位，務必於九十年六月底前，完成台南縣、市強制拆除二仁溪七十家違法熔煉廠的任務。
環保署長說；二仁溪畔非法熔煉廠存在已十多年，遭地方民眾詬病也長達十餘年，各級政府束手無策，污染情形包括熔煉時產生的空氣污染，粉碎淘選及廢五金回收酸洗作業中廢酸液隨意傾倒的水污染，廢棄灰渣棄置河岸的廢棄物污染及廢五金作業重金屬逕流沖蝕污染土壤。以往甚至造成學童戴口罩上課，雖經多次勸導改善，均無具體成效，且燃燒產生戴奧辛等劇毒氣體，嚴重影響環境品質；而酸洗五金作業更曾造成下游養殖區所養殖的牡蠣體銅污染情況嚴重，屬高污染區，過去的「綠牡蠣」事件更造成民眾的恐懼與漁民重大損失，違法熔煉工廠前經台南縣政府自八十六年起三度執行拆除，業者仍舊猖獗，死灰復燃進行相關作業。為還給二仁溪潔淨的風貌，環保署於八十九年十月六日在台南市舉行記者會，宣示成立巡守隊全天候執行巡邏稽查，打擊違法融煉業，並多次與台南縣市協調，確立取締不法決心，另於八十九年十一月經行政院核定「台灣地區河川流域及海洋經營管理方案第一期計畫∣二仁溪、將軍溪之污染整治」，期程計四年，總經費達十五億元，宣示政府整治二仁溪的決心。
為貫徹二仁溪整治決心，本次拆除對象為台南縣市提報之六十八家名單，計有台南縣二十五家，台南市四十三家，均屬位於農業區及河川行水區的違建。環保署說；屬於違建的污染源均將依相關法規一併同步拆除，以免熔煉廠死灰復燃。
環保署強調與台南縣、市同步拆除二仁溪流域違法熔煉廠執行行動，乃藉由中央與地方合作模式，聯手消滅長期危害環境的二仁溪沿岸違法熔煉業重大污染源，貫徹各級政府打擊非法之決心，期確保二仁溪流域的環境品質。