6月29日於高雄港54號碼頭傾覆之皇家太平洋號，歷經半個多月的除油工作，截至7月26日完成全部抽油工作，總計抽取廢油水160公噸，並由海事公司派遺潛水夫逐一檢查，殘油已抽除。
環保署表示，皇家太平洋號6月29日停放於高雄港54號碼頭維修，隔日因火災造成傾斜坐底沉船，高雄港務局為防範油污洩漏，立即於現場成立「630緊急應變指揮中心」，高雄市政府海洋局、海巡署及環保署等相關單位進駐，歷經半個多月的除油工作，終於告一段落。船內主要油艙16個，次要油艙14個，海事公司已派遺潛水夫逐一檢查。
環保署進一步表示，該署副署長蔡丁貴於案發時間(94年6月30日)至高雄港54號碼頭現場勘查，指示環保署南區環境督察大隊及相關單位全力投入救災，防止油污洩漏，相關單位立即展開攔油及抽油工作。由於皇家太平洋船齡已37年，構造複雜，大大小小總共30個油艙，而且船身呈現90度傾斜，更增工作困難度，抽油非常耗時，海事公司只好在該船左舷側面，前後共鑽開5個人孔，才得以逐一抽取油艙內廢油水。
7月17日因海棠颱風及所引進西南氣流影響，停止抽油作業4天，採取應變措施包括將攔油索加強固定、船艏與船艉各增加二條纜繩以固定船身及抽油孔等其他海水可能進入之排氣孔密封等，故颱風來襲期間無油污漏出。
環保署進一步說明，船公司表示原通報船上輕柴油194公噸及潤滑油36公噸，因火災燃燒、船隻傾覆、及吸油棉、攔油索、垃圾等吸附原因，以致抽取油料數量較原先估計短少。至於皇家太平洋號未來不論是船體扶正拖離或現地拆解，環保署將一併要求船公司確實防範油污洩漏，以免污染水域。