環境資訊中心網站於99年11月24日刊登朱淑娟女士對永楊專家會議的報導，朱女士於文中認為「沒有效力的專家會議只流於『對付民意』之議」，顯對專家會議機制有錯誤認知，特澄清說明，並希望朱女士對這些錯誤指責作出更正：
一、 行政處分的決定及法院的判決都需要依據事實。事實的認定如果不具公信力，往往造成關係人對行政決定或法院判決的不服。特別是與科學技術關係複雜的環境問題，對事實認定的爭議，基於關係人專業背景的不同，不易溝通及獲致共識，常見解分歧。關係人常對與自己價值或利益不符的事實見解或認定不服，仍持續爭議。專家會議試圖建立以公開透明、關係人參與，推薦其信任專家進行爭議問題的研判討論，建立基於科學方法調查與推論的客觀、價值及利益中立的事實發現與因果認定的機制，確保結論的公信力。發現及確認識事實與因果關係是一個階段，用發現的事實與共識結論，進行行政處分決定及法院的判決是另一個階段。 第一階段有公信力的結果，使用於第二階段，並非不具效力。朱女士的「不具效力」評論，是不了解此兩階段的功能不同，因此誤指環保署「假借專家會議而延緩爭議、且迴避自己擁有使用行政力解決爭議的責任」。
二、 環保署認為污染者理應付費，朱女士藉此指責環保署「卻推得事不關己，最後由永揚出資700萬，難免被質疑顧問公司可能會有偏頗。」其實，朱女士要環保署用納稅人的錢幫永揚出資是不對的，環保署必須強調，「由誰出資」不會影響專家判斷的結果，從推薦機制來說，本專家會議決議是由爭議項目之公正單位（地質技師公會或台灣土壤及地下水學會）推薦優良單位團體，再提至專家會議決定執行單位；從資料提送來說，調查報告係由第三調查單位直接提送至專家會議討論（並非由永揚公司轉送），永揚公司並無「調整」或「美化」報告之機會；從專家會議機制來說，調查單位是為專家會議負責，調查報告是專家研判爭議輔助之用，報告如有不合理或不正確之處，專家自會本於其專業進行研判要求調整；最後從經費可行性來說，環保署年度環評審查經費僅2千餘萬，又經立法院預算凍結達1/4(於11月方解凍)，倘將經費負擔於永揚調查作業(約700萬元)，即不足支付環保署受理環評案件之審查或監督等作業，因此，開發案件之評估調查費用由環保署支付，是不可行且不符公益的處理方式。
三、 永揚專家會議肇因於環保聯盟指控成功大學在烏山頭水庫集水區外山頭設置垃圾掩埋場之調查報告造假一案，環保署於98年3月30日邀集爭議各方研商查證方式，建議由爭議各方各推薦其信任之專家召開客觀中立的專家會議，以審慎態度釐清爭議之事實真相，必要時再度進行現場之調查研判工作，且本案環評主管機關臺南縣政府同意接受本專家會議作成之處理建議，作為本案環境影響調查報告之審查依據，開發單位永揚公司亦同意接受本專家會議機制及其決議，遂由環保署召開專家會議。事實上，永揚專家會議已有效釐清場址地質、滲水性及斷層裂隙等爭議議題，達成專家會議功能，朱女士未詳加瞭解專家會議機制及本案緣由，率爾評斷專家會議流於「對付民意」之議，恐誤導社會大眾。
四、 最後，環保署澄清朱女士對會議過程各方發言之錯誤描述，首先，朱女士描述「這個會...沒有解決永揚與環保團體的爭議，梁泉欽表示這對永揚不公平」，環保署強調，永揚專家會議所得到的是「與會專家獲致共識」、「爭議各方(含環保團體及永揚公司等)均未再表示異議」的結論，朱女士片面解釋為「沒有解決爭議」，不符事實；再者，朱女士描述：「包括專家委員、環保團體、永揚公司都認為環保署應出錢調查」，這也不符事實，其實，會議過程僅有環保團體代表提出該意見，與會1名專家於內部討論時發表該意見供內部討論，無奈朱女士卻將專家內部發言內容恣意摘錄對外公開，環保署認為並不妥當，況且，本案進行至第5次專家會議時，專家會議決議環保署土污基管會於98年12月，藉由98年度既有之緊急應變計畫，擴大採樣檢測場址鄰近水井資料，冀能輔助釐清民眾團體之疑慮，朱女士不了解專家會議實際進行過程，逕發表相關文章，請朱女士儘速更正。