登革熱中央流行疫情指揮中心自9月初成立之後，環保署開始與高雄市政府環保局合作加強登革熱孳生源清除工作，高雄市登革熱疫情10月下旬病例數每日突破200人後，更是加強動員督察人力執行登革熱孳生源防堵與切穿的防疫作為，冀澈底消滅病媒蚊孳生源。該署副署長張子敬本（15）日南下高雄親自督導疫情熱區孳清工作，張副署長表示，該署除補助高雄市政府防疫相關經費外，並全力協助執行病媒蚊孳生源清除督察工作，累計至11月14日投入人力407人次，共稽查20,138件，清除積水容器734件，並依違反廢棄物清理法告發37件。
環保署針對登革熱疫情所採取之「防堵與切割」戰略，是以斷面寬度約五十公尺到一百公尺不等，開闢出縱橫交錯的病媒蚊防治「防火巷」。當防火巷開闢完成時，等同形成新的「防堵圈」，各區里社區就可以在這縮小的區域中繼續進行切割與碎化。「防堵與切割」不斷重複、不斷縮小，動員與管理的行政層次也可由中央、市、區的層級逐漸下降到里鄰與社區。
生物多樣性消失的主要原因是因為棲地消失與棲地破碎，環保署向來所推廣的「巡、倒、清、刷」符合「棲地消失」的原則，就是消除戶外棄置容器的積水孳生源。另外加強「破碎化」的戰略，所謂「破碎化」並非打破瓶瓶罐罐、花盆、輪胎，而是從「生物地理學」的角度來切割棲地。透過不斷的切割，達到消滅病媒蚊的目的。
因高雄市三民、鼓山、苓雅、鳳山、左營及前鎮等區是目前疫情集中的行政區域，為避免病例擴散，環保署持續執行「防堵與切穿」的戰略，目前共執行四期「104年度高雄市孳生源加強清除專案計畫」，今日該署環境督察總隊及北、中、南三區環境督察大隊更是全體總動員聯合內政部警政署保七總隊第三大隊與高雄市政府環保局，針對疫情熱區，再度執行孳生源清除複查作為，共動員百餘人，稽查8,672件，清除72件積水容器，投藥防治77處，發現陽性容器依法告發2件。
環保署籲請民眾配合清除孳生源，全民總動員維護我們的家園，對於可清理的部分應立即清理，對於戶外難以清理的孳生源，可撥打環保報案專線電話0800-066-666通報或檢舉。