配合「飲用水水源水質保護綱要計畫—高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分水源保護區養豬戶（場）依法拆除補償基準」及「飲用水水源水質保護綱要計畫—高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分水源保護區養豬戶（場）依法拆除辦理補償注意事項」等工作之執行。為促使養豬戶（場）依限申辦，環保署於八十九年八月下旬訂定「水源保護區養豬戶（場）稽查管制計畫」，交由相關縣市政府採協談、稽查、聯合稽查三階段方式配合拆除補償作業之進行。
本項計畫自八十九年九月下旬起至本（九十）年六月十日止，對於無意願或未配合申辦拆除補償作業養豬戶（場）進行稽查（包括聯合稽查）合計辦理五千五百六十五戶（場）次，其中八十九年十二月三十一日前以協談、鼓勵申辦為主：九十年一月後則對未申辦養豬戶（場）進行稽查及聯合稽查。
鑑於水源保護為政府施政重點，為遏阻污染飲用水之不法情事發生，對於調查有案且已配合申辦之一千九百八十五戶（場）將列管追蹤，禁止其再復養；另未配合申辦拆除補償作業之養豬戶（場），環保署已請各部會依據各權責法令督導相關縣市政府加強執行本項計畫。並責成該署稽查督察大隊三區隊協助相關縣市政府，加強稽查，如有違反相關法令規定者立即依法嚴處。