過去台灣本島之非法棄置廢棄物案件，在環保單位配合環保警察加強查處後，已逐漸促使違法業者難以遁形。然而類似之非法棄置廢棄物的「環保犯罪」案件，在離島卻是陌生、亟待解決的問題，而離島稽查工作，因囿於地理環境因素及時效性、機動性之不足，執行困難度頗高，惟環保署環境督察總隊南區環境督察大隊近來已克服困難，稽查漸有斬獲。
據南區大隊表示，其管轄區域北自台南縣、南至台東，範圍涵蓋離島澎湖，為有效打擊環保犯罪，多年來該大隊均協同環保警察隊第三中隊對於非法棄置業者，鎖定目標主動出擊查處，使業者難存僥倖。近來該大隊屢屢接獲陳情人指出離島澎湖有遭棄置廢棄物情形，經實地勘查後，發現反映屬實，確有多處非法棄置點，讓擁有滿地天人菊之「菊島」，因遭到非法棄置廢棄物，而破壞了原有美麗的景觀，美麗的澎湖灣有了污染點，該大隊乃成立專案小組不定期機動埋伏，終於今年初查獲首起非法棄置廢棄物業者，而予以移送地檢署偵辦。
該大隊再表示，澎湖縣政府雖設有土石方資源堆置場，惟民眾仍抱有僥倖心理，為節省處理成本而非法傾倒，致美麗的澎湖灣有營建混合物的污染點，因此該大隊除請澎湖縣政府加強取締非法棄置廢棄物業者及輔導非法清除業者合法化外，並呼籲業者千萬別心存僥倖，否則若經查獲非法棄置廢棄物者，將予以重罰，若有涉及刑責者亦將一併移請地檢署偵辦。