在國際環保趨勢及國內環保意識抬頭雙重期許下，20年前的8月22日行政院環境保護署正式掛牌運作，從原本行政院衛生署轄下的環境保護局，提升到部會層級，正式將臺灣推進國際環保國家的行列。
在水污染部分，經過數十年工業發展後廢污水的污染，國內水質(河川、水庫及海洋)也逐年惡化，環保署在成立後，立即針對「淡水河流域」進行整合性的污染整治工作，將下水道系統、污染源稽查管制及相關水污染工作整合，在「淡水河流域污染整治推動小組」的督導下，有效推動相關污染整治工作，淡水河水質也獲致明顯改善。
依據環保署的分析，水污染防治工作除區域性的污染源稽查管制外，其他污染整治工作必須以流域整體考量，整合縣市合作，配合生態工法自然淨化系統的設置，才能有效改善水污染情形。因此環保署陸續推動「飲用水水源水質保護綱要計畫」(89-90年)、「臺灣地區河川流域及海洋經營管理方案」(90-93年)、「河川及海洋水質維護改善計畫」(94-96年)等相關整體性整治計畫，改善民眾飲用水水源水質，河川嚴重污染河段已由92年459.2公里(占河川總長度15.8%)降至95年173.9公里(占河川總長度5.9%)，有效改善國內河川、水庫及海洋的污染情形。
未來環保署將以推動都會型河川整體整治計畫為施政重點，以有限的經費，全力推動污染改善工作。環保署初步擇定基隆市田寮河、台北縣中港大排、台南縣市及高雄縣之二仁溪、高雄縣鳳山溪及屏東縣萬年溪等5條重點都會型河川，預計在97-100年編列60億元預算完成相關整治工作，完成復育與整治工作，改善周遭水域景觀。