截至九月二十一日上午八時止，全國各縣市環保單位總計清理出污泥一七三二三．六公噸，清除垃圾二○八六八公噸，動用清潔人力一七四二一人，國軍支援一五九八九人；本次颱風以台北市、台北縣及基隆市受災情形最為嚴重，目前清理情形如后：
台北市—台北市以內湖及南港區受災最為嚴重，信義區、松山區及中山區次嚴重，台北市環保局人員四千五百人及國軍四千餘人己全力投入二十四小時進行清理，另外本署亦協調花蓮縣、台中縣、屏東縣支援清理車輛三十二輛及人員七十人，而其他縣市亦將陸續提供支援及協助。概估本次颱風災後台北市產生的垃圾量約十萬公噸左右，而且淹水受災的民眾會陸續將垃圾清理出來，目前每日可清理七○○○公噸，為加速進行清理，台北市已實施「垃圾一清專案」自九月二十一日起，每日晚上十時至次日六時，白天九時至十七時，連續四天在內湖、南港、信義，中山、松山等淹水嚴重地區實施交通管制，以利清運垃圾，各區清理之垃圾將先暫時集中在南港空地，再運至北投焚化廠及山豬窟垃圾掩埋場處理，約至九月二十三日可清理完畢。
台北縣—台北縣受災地區主要在汐止及瑞芳地區，本次垃圾量較上次象神颱風減少，概估約十萬噸左右，台北縣環保局己在汐止鎮秀峰公園設置轉運站，將垃圾集中後再轉運至八里垃圾場處理，汐止市公所、台北縣環保人員300餘人及國軍八千餘人、四百餘輛清理機具已加強清理中，概估至九月二十三日可清理完畢。
基隆市—基隆市仁愛區、七堵區及暖暖區受災最嚴重，仁愛區九月二十一日已清理完畢，七堵及暖暖區垃圾量龐大，故設置垃圾收集轉運站七處，基隆市目前己二十四小時投入清理作業，白天將垃圾收集至轉運站，再利用夜間車輛較少時轉運至基隆市天外天垃圾衛生掩埋場處理，基隆市每天約動用環保局全部一千人力及國軍一千七百人進行清理，並投入各型清理機具二百餘輛；概估基隆市約有二十四萬噸垃圾，目前每日可清理四千噸，預定九月二十三日清理完成，陸續清出之垃圾約需二個星期方可大致清理完華。
整體而言，概估本次納莉颱風災後至少將產生五十萬公噸的垃圾及污泥，學校、都市主要街道九月二十三日前清理完畢，全部約需一至二個星期方可大致清理完畢；在經費的方面，基隆市己先行提出二千五百萬的補助需求、台北市概估提出六千萬的申請補助、台北縣概估需八千萬的經費補助，本署己通知各環保局全力進行清理，務期在九月二十三日(星期天)以前將主要道路、學校垃圾清理完畢所需的經費本署將核實予以補助，概估全台灣地區約需二億元以上的清理經費。
在環境消毒方面，截至九月二十日止已消毒完成八二四公頃面積，將做二階段處理，首先俟垃圾清運完畢的地區，先進行殺菌消毒，其後再進行殺蟲消毒，本署並己提供台北市環保局三百八十箱環境用藥(四千八百公升)、提供台北縣環保局三百箱藥劑經費及八百公升消毒藥劑，基隆市的部分，本署則是補助該市二百九十七萬購置消毒藥劑經費；而各縣市若有消毒的需求，本署將核實予以補助。為維護環境衛生，本署已通令各縣市環保局，若垃圾堆置點清除後應儘速進行環境消毒，並請環保局九月二十三日完成第一階段環境消毒工作。