雲林縣轄區具污染性質之行業首推畜牧業，目前雲林縣總飼養頭數約150萬頭，產量佔全省總畜養頭數21%，如以密度計算則每平方公里高達1,100頭數，高居全國第一，而豬隻污染排放量為人之4至6倍，如未適當處理，等同於該縣增加約900萬人口之污染量。
環保署表示，雲林縣部分養豬業者心存僥倖，將未經處理之豬糞及廢水直接排入地面水體，造成水質嚴重惡化，部分村落排水溝渠更充斥豬糞等漂流物，為改善雲林地區之河川水質，該署環境督察總隊中區環境督察大隊從95年2月起至96年1月止稽查141家養豬業者，查獲26家違反水污染防治法等環保法令，違法比例高達17.7%，其中又以偷排未處理之廢水最多，佔違法案件比例達46%。這些偷排廢水養豬業者，最後均遭處以新台幣6萬元以上不等之罰款處分，環保署籲請畜牧業者仍需恪守法令，妥善操作廢污水設施，千萬不要心存僥倖，環保署將持續與雲林縣環保局聯手進行全面稽查取締污染。