在今年七月初舉行過經濟部與環保署第一次協調會議後，今日（二十八日）環保署邀請經濟部至署舉行第二次部署協調會議，會議中郝龍斌署長與經濟部林信義部長除對前次協商內容達成共識並具體落實同表滿意外，並希望藉此機會讓經濟發展與環境保護工作的推動建立積極、固定的協調溝通管道，讓獎勵補助與稽查管制工作在不相違背的前提下進行，同時也期望未來在對業者的補助獎勵措施及環保管制標準的制定上可以互相參與與提出建言，以降低行政成本的支出，本次會議共通過十一個議案，對於會議結果，部署雙方面都感滿意。
此次部署協調會議所討論的議題範圍相當廣泛，從基本的環保標準制定，工廠的輔導改善、小型加氣站設立、加油站從業人員的宣導訓練、環保稽查、非法油行的取締、到違章工廠及非法電鍍業的斷水斷電及輔導等進行意見交換，並研商因應氣候變化綱要公約政府分工及補助沼氣發電經費等，希望可以在最短時間內有具體計劃並分工落實，以解決業者兼顧發展與環保兩難的情境，並及早因應全球化事務可能引起的產業及能源結構衝擊。
會議中針對放寬飲用水水質標準及油品自由化後對非法油行的查緝工作有深入之討論，對於大高雄地區飲用水口感及臭味的問題，林信義部長特別要求先建立民眾對於飲用水的信心，標準再高如果民眾沒有信心，只是徒增處理成本及資源浪費，他特別要求自來水公司要做好宣導及改善水質工作；其次對於九十一年起全面開放油品自由化後，對於非法油行的查緝工作也必須加強且持續進行，另外對於稽查對象的選擇上，環保署所秉持的是民眾所需及通案性之考量，並不會有選擇標準上的不同，如果廠商可以調整心態積極落實廠區管理及污染防治工作，相信稽查人員不會也不能故意刁難。
環保署郝龍斌署長說，他要特別感謝經濟部林信義部長的大力支持，像是高屏溪水質水量保護區的劃定及政策環評、二仁溪熔煉業拆遷後輔導進入工業區、及台糖率先配合環保署離牧政策的養豬戶拆遷補償工作等，讓業者及政府可以達到雙贏的目標。以二仁溪拆遷為例，原廠商在工業局輔導進入工業區後普遍反應並沒有遭受損失，反而是利潤提高，所以稽查與輔導工作應該是可以併行不悖的。經濟部林信義部長也指出，政府各部會之間應要先捨棄本位主義，避免因表達上之誤解造成步調不一，降低行政效率，台灣在創造經濟奇蹟後累積了財富，但卻換來環境的慘痛代價，我們必須藉由打擊不法，讓合法業者生存下去，共同為業者找出一條生路，不要讓污染繼續下去，經濟發展與生態保護必須共進共榮。
對於此次會議，除了面對面表達部署間的意見與建議外，另一個重要意義即是可以針對權責、經費分配、及未來專案計劃做一個整合性的討論，在可能的範圍內盡量配合、執行並落實，以謀求經濟與環保雙贏的局面。
環保署與經濟部業務協調會決議事項
提案一
提案單位：經濟部工業局
案 由：建請 貴署訂定環保法規及相關辦法時，能於委託研究階段即讓目的事業主管機關參與研商。
決議事項：
一、環保署研定環保法規及相關管制標準，均依法規作業程序，邀請各有關機關參與研商及公聽。
二、環保署同意爾後委託研究案與各部會業務有關者，將要求受委託執行單位，於進行研究或草擬之前置階段邀請各界座談蒐集意見時，即邀請目的事業主管機關及相關機關(構)經濟部代表參加，提供卓見。
提案二
提案單位：經濟部工業局
案 由：建請 貴署鼓勵事業單位積極推動環境管理（ISO 14001），以落實污染預防、污染減量、污染防治，並給予減少環境稽查頻率優惠。(經濟部工業局)
決議事項：
一、環保署對遵守環保法規、持續污染改善，無違規紀錄之合法正派經營廠場及取得ISO14000系列驗證者，均不無故進行稽查，但依案管制計畫或民眾陳情案件，環保署仍須依法執行稽查勤務。
二、環保署每年辦理全國十大績優環保廠商評選，對於申請評選的廠商有ISO 14001認證者，不必初評，直接進入複評，以示鼓勵。
三、請經濟部協調「中華民國認證委員會」基於有獎有賞原則，研商ISO 14001相關可行之驗認機構登錄管理機制，以提供環保署稽查管理參考。
提案三
提案單位：經濟部工業局
案 由：建請 貴署運用空氣污染防制基金，協助鋼鐵業者研究開發經濟可行之污染防治技術，以降低戴奧辛排放量，符合政府相關規定。
決議事項：
一、依空氣污防法規定，污染源之改善由目的事業主管機關輔導。
二、有關研究開發經濟可行之煉鋼業電弧爐戴奧辛控制技術，相關分工原則及經費分攤等細節，請 經濟部工業局、技術處與環保署空保處另行研商。
提案四
提案單位：經濟部加工出口區管理處
案 由：隨著各項污染費用（空氣污染防制費、水污染防治費）將逐一開徵，建請 貴署將此專款提撥部分經費作為各目的事業主管機關進行各項污染工作監測、研究及輔導之用，以利配合中央及地方環保工作之推動。
決議事項：本案依空氣污防法規定應由目的事業主管機關輔導，故仍宜由經濟部辦理。
提案五
提案單位：環保署空保處
案 由：鑒於京都議定書可能於明（二○○二）年生效，為及早因應是項公約發展，妥適研擬我國因應策略，擬研訂氣候變化綱要公約推動方案，並請 貴部重新評估達成全國能源會議減量目標的能源與產業配套措施。
決議事項：
環保署負責研擬因應策略，請經濟部就產業及能源之配套措施提供相關數據資料策略，俾會商後提送由副院長召集的跨部會會議討論。
提案六
提案單位：環保署空保處
案 由：九十年七月三日本署與 貴部業務協調會議第十二案決議：「請環保署檢討空污費可用額度後，再檢討該項沼氣發電補助措施。」本署經檢討，擬以每年新台幣五千萬元為上限，獎勵期以五年為限，超出本署預算上限部分之獎勵金擬請 貴部編列預算補助，並由本署與 貴部會銜訂定獎勵要點。
決議事項：
一、該獎勵要點由環保署訂定公告之。
二、要點中之補助金額，由環保署依權能決定(補助金額五千萬元)經濟部另循預算編列(不超過二千萬元之額度)，以通過之預算數額補助之。
提案七
提案單位：環保署空保處
案 由：請 貴部協助增設液化石油氣加氣站及天然氣公車加氣設施。
決議事項：
請環保署積極與經濟部及相關土地、消防、安全單位協商，解決公車調度站內設置天然氣加氣站設施與法規方面之問題，俾利增加加氣站。
提案八
提案單位：環保署空保處
案 由：請 貴部協助推動加油站業者正確之加油行為，以減少加油站之油氣污染。
決議事項：
一、請中油公司加強加油站人員訓練，並配合宣導，鼓勵以刷卡付款方式加油等，以減少民眾過量加油之情形。
二、請環保署將相關宣導海報等資料提供經濟部參考，共同加強宣導。
提案九
提案單位：環保署工程處
案 由：請 貴部協助調查確認雲林縣林內鄉興建垃圾焚化廠，是否會影響該鄉「林內淨水場」操作營運及飲用水質。
決議事項：
一、請經濟部提供該淨水場之確切地點、圖籍、曝氣面積、處理程序及處理量，轉請雲林縣政府評估處理。
二、請經濟部協助提供雲林離島工業區可容納焚化爐興建之廠址，供雲林縣政府參考。
三、除前二項請經濟部協助提供相關資料供雲林縣政府參考外，並建議雲林縣政府對於焚化廠是否對林內淨水場造成影響應公開說明，未得到確實保證無污染前，不得興建。
提案十
提案單位：環保署督察大隊
案 由：請加強查緝違法經營油品行為。
決議事項：
一、加入ＷＴＯ以後，非法經營油品行為將減少，未來查緝違法經營油品時，請經濟部與環保署通力合作，由環保署督察大隊各區隊協助，共同執行取締任務。
二、請中油公司隨時提供非法油行之資訊，環保署將全力配合執法。
提案十一
提案單位：環保署督察大隊
案 由：請 貴部輔導違章電鍍業、金屬表面處理業，促其改善輔導合法化，以促進經濟與環保雙贏。
決議事項：
一、 本案工業局以輔導違章電鍍業、金屬表面處理業者遷入工業區為優先，避免造成環境衝擊。
二、 環保署執行大執法行動，就非法工廠遺留之廢水排放去處，請經濟部協助協調業者將無法自行處理之廢水、廢液納入附近工業區污水處理廠處理，或進入北、中、南特殊事業廢棄物處理中心暫時貯存。
三、 工業區污水處理廠餘裕量之利用，請經濟部、環保署妥為規劃。
上次會議決議事項繼續追縱部分
提案十五
提案單位：自來水公司（經濟部國營會）、環保署毒管處
案 由：環保署訂定第三階段「飲用水水質標準」過於嚴苛，建請儘速修訂總溶解固體量五００毫克／公升總硬度為三００毫克／公升。
決議事項：
請自來水公司提出高雄地區飲用水臭味、口感改善計畫，同時舉辦自來水試飲測試活動，並以統計方式，取得高雄縣、市民認同之數據後，環保署可儘速修訂第三階段飲用水水質標準。