環保署為強化應回收廢棄物回收清除處理補貼費核發的正確性，已修正「應回收廢棄物稽核認證作業辦法」，並於97年1月8日發布於環保署網站（網址：http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「最新環保法規」網頁，規劃執行各項應回收廢棄物回收清除處理程序的稽核認證作業。
依廢棄物清理法第18條第2項規定，稽核認證團體應依稽核認證作業規定，辦理應回收廢棄物的回收處理量稽核認證，環保署於91年10月9日訂定「應回收廢棄物稽核認證作業辦法」，發布實施至今已屆5年，為使辦法內容符合稽核認證作業現況需求，導入合理查核管理技術，強化應回收廢棄物回收處理量稽核認定程序，並加強稽核認證管理作業，爰修正本辦法。本次修正已將「管理委員會」用詞統一修正為中央主管機關，並明訂中央主管機關、稽核認證團體及受補貼機構權責，且將現行規範稽核認證團體的作業依據、應回收廢棄物的稽核認證頻率、稽核認證人員管理及訓練等屬稽核認證技術性細節規範授權至各材質應回收廢棄物稽核認證作業手冊中規定，以利因應各類應回收廢棄物回收處理技術及實務管理需求之變化。另為響應推動電子化政府，推動各項稽核認證電子化申報、勾稽制度，以達成減少作業成本，提升稽核認證效率的目標。
環保署表示，本次「應回收廢棄物稽核認證作業辦法」全文修正為17條，將依法持續強化稽核認證作業制度管理，整合實際作業需求，杜絕回收處理業者溢領資源回收基金補貼費，確保認證品質的目標。