環保署於9月21日派遺監測採樣小組，在海巡署協助下，搭乘該署運補船艦，遠赴南沙太平島及附近海域實施空氣品質及海域水質監測，連同航程前後為期7天。這是我國政府首次掌握國境最南端的環境品質，不僅拓展了環境監測的空間尺度與技術能量，同時對促進我國環境監測資料與國際接軌，分擔國際環保責任，具有突破性的重大意義。
環保署指出，這趟監測行程，除了登上太平島監測採樣外，特別沿著航行路程，在往返途中不同地點，分別採樣分析，這種「線狀」監測資料，對日後國際間瞭解南海地區的環境品質及掌握東南亞地區空氣污染物長程傳輸，應當大有助益，也填補了國際相關資料的空白。
空氣污染物長程傳輸及海域污染是近年國際間極為重視的課題，東南亞地區在夏季(七至九月)經常因為大量燃燒農作物或山林樹木，加上工業污染的排放，容易產生空氣污染物。在西南氣流引領下，這些空氣汙染物可能向北長程傳輸到台灣，對我國環境造成影響。
南沙群島剛好就處在這個污染物長程傳輸的路徑上，加上島嶼附近沒有人為活動的污染，非常適合作為環境監測背景資料蒐集的地點。太平島則是南沙群島中最大的島嶼，位處中南半島和菲律賓中間（北緯10度22分38秒、東經114度21分59秒），距離高雄1,600公里，是這次監測的主要目的地。環保署原本還預計順道前往太平島附近的中洲礁採樣及監測，後由於海象不佳，風浪過大，致未能前往。
環保署同時表示，這次監測與調查項目相當多，空氣品質部分包含：大氣汞、揮發性有機物、二氧化碳、甲烷等；水質部分項目包含：水溫、鹽度、溶氧量、pH、懸浮固體、葉綠素a、氨氮、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、磷酸鹽、矽酸鹽、鎘、鉻、汞、銅、鋅、鉛等。此次監測結果預計於10月下旬出爐，屆時歡迎民眾利用環保署網站(http://taqm.epa.gov.tw/taqm（空氣品質）、http://wqshow.epa.gov.tw/（水質）)查閱相關資料。