環保署統計去（93）年1至12月全國地區（含金門、馬祖）各級環保機關抽驗自來水水樣（直接供水點）計12、755件，其中不合格水樣件數67件，自來水供水水樣合格率為99.47％，不合格率為0.53﹪。該抽驗水樣不合格項目，其中影響適飲性項目：氨氮（19項次）、錳（12項次）、總溶解固體量（9項次）及氯鹽（6項次），其次為較不影響健康項目：自由有效餘氯（14項次）、濁度（9項次）、色度（7項次）及pH值（2項次）及細菌性項目：大腸桿菌群（8項次）及總菌落數（1項次）；另外可能影響健康物質：硝酸鹽氮（4項次）及影響健康項目：總三鹵甲烷（1項次）等，以上總計92項次。從危害人體健康的風險來看，整體而言，我國自來水水質的安全性應無疑慮。
環保署說，從分析各縣（市）飲用水水質抽驗結果（項次）之不合格比率來看，以金門縣最高（3.44﹪），不合格項目包括：濁度、色度、總三鹵甲烷、錳、氯鹽、氨氮、總溶解固體量、自由有效餘氯及pH值等。其次依序為台東縣（0.37﹪），不合格項目：濁度及錳等；桃園縣（0.21﹪），不合格項目：大腸桿菌群；台中縣（0.09﹪），不合格項目：硝酸鹽氮；台北市（0.08﹪），項目為：總菌落數、濁度及色度等；新竹市（0.04﹪），項目為：自由有效餘氯；高雄縣（0.03﹪），不合格項目為濁度；屏東縣（0.02﹪），項目為：自由有效餘氯及苗栗縣（0.01﹪），項目為：自由有效餘氯等9個縣市；其餘縣(市)合格率皆達百分之百。環保署表示，上述不合格地區之縣市環保局已要求自來水公司改善，並持續加強該自來水水質抽驗工作，目前自來水水質都在飲用水水質標準範圍之內。
環保署進一步指出，水質項目及不合格比率較高的金門縣，係因該縣地理環境因素，由於榮湖淨水場原水水源水質變化較大且不穩定，自來水淨水處理上須憑藉相當經驗才足以掌控處理該地區原水水質，所以處理後之自來水水質較難掌握。目前金門縣自來水廠已就該問題提出飲用水水源水質改善計畫書，並經環保署核定。該處淨水場提出的改善措施包括：增加水量開發、興建榮湖污水下水道以及榮湖污水截流系統、改善期間加強水質監測、加強集水區巡查工作及加強淨水場操作維護管理等，該署將督導金門自來水廠確實依核定期程改善水質。
環保署強調，提供安全、高品質的飲用水是民眾日常生活關切事項，也是政府施政的重點。目前台灣地區自來水普及率已達百分之90以上，該署為確保民眾飲用水的安全，將持續加強自來水水質的監測、督導地方環保機關加強飲用水水質抽驗，另對於有危害飲用水水源安全者亦加強取締並予以嚴懲。環保單位對於檢驗結果未符合飲用水水質標準者，除依法處分外，並均通知供水單位限期改善完成，以有效督促自來水事業單位加強水質的監控及提升淨水處理技術。
環保署呼籲，從自來水廠送到民眾家戶前的自來水都能合乎飲用水水質標準，民眾對於自家儲水之蓄水池及水塔應定期（半年一次，如遇颱風淹水過後亦需清洗一次）清潔維護，以確保飲用安全。