環保署為替國人飲用水安全進行把關工作，目前已開發完成微囊藻及其毒性檢測技術，並積極尋求水庫藻華之預警機制，希望能在藻華發生初期，立即加以控制。由於以往微囊藻檢測不易，需要專家才得以分辨，經常是大量繁殖後才被發覺。一旦水庫藻華快速發生，往往僅能事後補救，無法提早維護民眾休憩及飲用水之安全。因此環保署環境檢驗所特別擬定專案計畫，研發檢測技術和即時連續監控，以提早發現藻類可能滋生之訊息。
水庫蓄水為國人飲水之主要來源，不管是水質優養化或藻類過量繁殖生長，皆會影響自來水淨水處理。但是更大的潛在風險，莫過於有些藻類會分泌產生毒素進而危及飲水安全。其中以號稱「水庫殺手」微囊藻(Microcystis)為甚，1996年巴西發生洗腎中心誤用含微囊藻毒的水造成人員死亡外，國外陸續亦報載在微囊藻滋生水域中游泳或水上活動導致嘔吐、皮膚過敏等病症，而國內自1981年起即有學者陸續研究發現部分水域具有微囊藻之跡象。
根據世界衛生組織休憩用水管理指引，環境檢驗所採用其參考指標之一葉綠素a，以連續監測方式，呈現藻類在水域中連續變化情形，突破以往單一樣品萃取方式監測，更能充分顯示水域中藻類的變化，惟國內水庫普遍藻類較多的情形，葉綠素a做為辦別微囊藻華的依據仍有一段差距，故透過微囊藻喜歡凝集在水域下風處，日間微囊藻會上下移動，但夜間微囊藻集中在表層的特有生存方式將可區隔出微囊藻華特有的警訊。
環境檢驗所表示，水庫藻華之發生控制是個跟時間賽跑的競爭，必須搶時間以遏止其於無形。預警機制的建立，可能爭取數天緊急應變措施的時間。如預警機制建置成功，未來將擴及國內各水庫或湖泊，並藉由即時數據傳輸系統，將其連線到環境檢驗所之監控電腦，只要一發現有徵兆，該所將立即轉知環保署毒管處提供給自來水廠因應處理，為民眾飲水安全提早把關。