針對今（14）日媒體報導指出環保署未能積極協助南投縣處理垃圾一則，其中報導指稱環保署指示南投縣取消垃圾焚化廠興建部分。環保署表示，行政院原核定南投縣興建每日處理量400公噸BOO焚化廠，因南投縣規劃興建焚化廠之時間較晚，且加強推動垃圾減量政策後，其實際需求量已大幅減少，經評估垃圾轉運外縣市處理之成本較興建焚化廠之處理成本為低，已無興建之必要，所以環保署報行政院核准南投縣焚化廠停建，並自95年起每年皆補助該縣垃圾轉運費用，迄今已補助垃圾轉運經費達9.9億元。
針對過去南投縣一直指稱中央停建該縣焚化廠，導致該縣垃圾無法妥善處理，環保署為求慎重，於105年6月間函詢南投縣環保局興設焚化廠之意願，該局回應無興設焚化廠規劃，轄內生活垃圾未來處理將朝「垃圾全分類技術」及「在地化」，並建構具有垃圾自主處理能力之資源永續中心為原則。
為妥善處理南投縣垃圾，環保署亦積極協調外縣市代處理，惟因過去南投縣政府未能配合縣市間之互惠合作原則，致協助處理量能下降。在行政院中部聯合服務中心前執行長蔡培慧協助下，環保署與水利署合作向行政院爭取專案經費，以配合鳥嘴潭人工湖工程完工啟用後周遭環境品質改善工作，已同意補助3 億元經費由南投縣政府辦理草屯鎮垃圾掩埋場垃圾移除及整頓作業，並在南投縣環保局李易書局長上任後積極辦理下，目前已完成垃圾篩分及打包作業2萬公噸、移除1萬公噸。李局長亦配合環保署政策，規劃垃圾自主處理設施，並秉持與各縣市互惠合作原則辦理垃圾處理業務，環保署會持續督導並要求縣府加快各項工作進度。
因春節連假垃圾量大增及適逢焚化廠上半年進行歲修，致近期垃圾堆置量有增加情形，環保署已協調焚化爐有餘裕量之縣市協助處理南投縣之垃圾，已獲部分縣市同意並轉運處理中。另自106年起環保署推動「多元化垃圾處理計畫」以來，已補助南投縣2億元經費辦理垃圾打包篩分、掩埋場改善及廚餘設施效能提升等工作。
環保署強調，垃圾處理依廢棄物清理法規定屬地方權責，南投縣垃圾處理，將會持續給予協助，建議南投縣短期應妥善運用轄內既有垃圾掩埋場等環保設施；長期而言，應加速籌建自主垃圾處理設施，以妥善解決轄內垃圾處理問題。