為維護水源保護區飲用水水源水質之潔淨，行政院於八十七年十二月間核定「飲用水水源水質保護綱要計畫︱高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分」，其中自八十九年間推動受理養豬戶拆除補償申請，並於九十年執行養豬戶拆除工作，至九十年十二月底止百分之九十九．二的養豬戶已拆除豬舍，削減豬隻頭數達五十六萬頭。
執行過程歷經部分養豬戶為爭取更高的補償費而不斷抗爭，以及自來水法修正、保護區解縮編、少部分養豬戶因考量經濟不景氣生計困難而不願配合申辦，或因補償費未如預期致申辦後不願拆除而續養等問題，致九十一年一月初仍有七十一戶畜養二十頭以上之養豬場尚未停養。
環保署長郝龍斌特於元月十二日南下，實地訪親美濃地區養豬戶拆除執行情形。親自了解水源區少部分養豬戶不能配合停養之癥結所在，除慰勉地方攻府執行本項工作之辛勞，並再次宣示貫徹執行水源保護區養豬戶污染削減政策。未來環保署將會同相關部會及地方政府針對仍續養之養豬戶執行嚴格的專案稽查，以促使全面停養，達到保護大高雄地區飲用水源的目標。