環保署公布本島20座主要水庫100年水質監測結果，優養化水庫有高雄市澄清湖、阿公店、鳳山及臺南市鏡面水庫等4座，普養水庫有12座，貧養水庫有4座。與99年相比，優養化水庫增加1座、貧養水庫亦增加1座，較90年10座優養化水庫明顯減少6座、貧養水庫由0座增加為4座，顯示整體水庫水質狀況長期呈穩定改善趨勢。
環保署針對水庫每季定期辦理水質監測，根據100年4季監測結果，本島20座水庫中卡爾森優養指數(CTSI)大於50之優養化水庫計有高雄市澄清湖(52.7)、阿公店(53.4)、鳳山水庫(73.3)及臺南市鏡面(50.3)等4座水庫，其中高雄市鳳山水庫卡爾森優養指數值最高，水質尚待加強，惟因其僅供應工業用水，不影響民生用水。石門及明德水庫100年CTSI分別為49.2及49.5，屬近優養狀況。貧養水庫有日月潭、霧社、德基、蘭潭等4座。
環保署表示，根據90至100年20座主要水庫的卡爾森加權指數評估，高雄市澄清湖水庫、臺南市白河水庫、嘉義縣市蘭潭及仁義潭水庫等4座水庫100年CTSI值皆較90年下降10以上，水質改善幅度最大，其中澄清湖水庫應與環保署91年於高屏溪推動養豬拆遷補償有關。其他包括霧社、日月潭、德基、南化、寶山、鏡面及鳳山水庫等7座水庫，100年CTSI值亦較90年下降5以上，水質改善明顯。另依據20座主要水庫整體平均值計算（採用水庫容積百分比例加權指數），100年20座主要水庫卡爾森容積加權平均指數為43.92，較90年48.26明顯下降。整體而言，國內20座主要水庫水質呈現改善趨勢。
環保署說，水庫優養化是指過量營養物質(主要為氮、磷)進入水體，造成藻類大量的繁殖、死亡，並因其腐敗分解的大量耗氧，導致水中溶氧耗盡，造成水體生態系急劇變化，並使水質嚴重惡化之現象。其來源包括點源污染的家戶、工業、畜牧業等，及非點源污染包括暴雨沖刷、農地施肥、遊憩活動、高爾夫球場等。
為加強水庫集水區保育及治理，行政院於95年3月20日核定「水庫集水區保育綱要」，由各水庫管理機關擬定「水庫集水區保育實施計畫」，環保機關配合加強水庫集水區污染源管理。其中環保署為維護水庫集水區水質，除持續辦理水庫水質監測作業及督導、補助環保機關執行點污染源稽查管制工作及污染削減工程。針對農業施肥所造成氮、磷營養鹽之非點源污染，環保署已製作柑橘、蓮霧、木瓜、印度棗、芒果、番石榴等6種「集水區農作物最佳施肥管理策略」宣導手冊，並分別於南化、烏山頭及阿公店水庫辦理4場次「合理化施肥及水質污染改善農民宣導會」，向水庫集水區當地農民宣導「合理化施肥技術說明」及「集水區管理與水質污染防治規劃」，藉以減少集水區農作行為造成水庫氮、磷營養鹽之非點污染源負荷。
環保署已於99年及100年針對本島新山、寶山、德基、南化、澄清湖、鳳山、明德、鏡面及阿公店等9座優養化或具優養化潛勢之主要水庫提出水庫水質治理方案，並就水庫集水區管理面向研擬水庫水質短中長期改善分工策略，提供各水庫管理機關及相關單位後續執行水庫水質改善相關作業之參考，共同維護水庫清潔。