為瞭解六輕計畫營運迄今對環境影響程度，環保署委託財團法人環境資源研究發展基金會於99年10月27日至29日一連三天假中國文化大學大夏館B1國際會議廳及表演廳舉辦「六輕計畫總體評鑑研討會議」。
環保署表示，六輕計畫營運迄今已10餘年時間，為了解六輕計畫營運前、後當地環境變遷，環保署自99年5月起，就六輕計畫對於經濟、環境、社會文化及健康等正、負面影響進行總體評鑑。本評鑑邀請國內20餘位專家、學者分為4組進行，每組設召集人，每位專家、學者負責1項議題，其評鑑項目涵括六輕計畫對國家整體經濟與稅收影響、石化工業鍊整合、產業結構變化、空氣品質長期變化趨勢、懸浮微粒（含河川揚塵）、海域水質、周界臭（異）味管制、紅外線（FTIR）偵測連線作業、最佳可行控制技術（BACT）、離島工業區空污排放量、溫室氣體排放量、土壤及地下水預警系統、廢棄物處理與資源回收、漁業資源（含白海豚）、地方回饋措施、交通服務水準、當地居民生活環境與文化變遷、健康風險、揮發性有機物（VOC）減量與回收成效、毒性化學物質運作管理等20項議題，期間共蒐集374項各類相關資料加以研析。
環保署指出，參與六輕總體評鑑計畫之專家學者將藉此研討會提出初步評鑑成果，並經由產官學界、民間團體及民眾共同參與討論，提供寶貴意見，以納入評鑑定稿參考。
本次研討會報名人數已超過200人，研討會27日討論經濟、社會文化議題，28、29日討論環境與健康議題，29日下午舉行綜合討論就未來大型開發計畫之總體評鑑執行方式，進行討論。相關研討會資料並公布於環保署全球資訊網業務項目環境影響評估分項，六輕專屬計畫網站項下之六輕計畫總體評鑑研討會議內，請各界自行下載參考。