「民意信箱管理系統」係行政院環境保護署為廣納各界意見及加強為民服務，特設之網路管理系統，民眾可逕行上網對各種環保政策、業務提出建言或諮詢重大環境污染案件處理情形，亦可線上檢舉報案，環保署表示目前該署亦設置○八○○—○六六六六六全國免費報案專線及環保公害陳情網路受理系統(http://ww3.epa.gov.tw/index.html)，提供民眾全天候二十四小時快捷環保公害受理管道服務。
環保署表示對於陳情檢舉個人資料，民眾不用擔心資料會曝光，該署均有嚴謹保密措施，民眾請放心確實留下聯絡方式，以便稽查人員儘速回覆查處結果。對於處理結果不滿意而一再陳情的案件，環保署除用電話溝通外亦會指派專人親自到府協調處理，讓民眾了解目前問題所在，亦使民眾感受環保署執法誠意。
「民意信箱」之信件來源涵括署長信箱及電子郵件，依信件陳述內容分由環保署各主管業務單位處理回覆。九十三年一月至六月份本署環境督察總隊處理「民意信箱管理系統」交辦案件總計一○二件，依案件性質分析，以陳情檢舉案件六十三件最多、提供資料二十二件次之、環評監督案件八件再次之；另以污染類別區分，則以空氣污染類十七件為主、其他類（包括民眾抱怨、法規釋疑及發表對特定案件意見）十五件次之、廢棄物、廚餘類各十四件再次之。比較去(九十二)年上半年案件總件數成長了二十九件，陳情檢舉污染案件最多的「廢棄物類」由三十件減少為十六件，轉以「空氣污染類」陳情十七件為首。
環保署環境督察總隊及北、中、南區環境督察大隊今後仍將繼續秉持一貫依法行政的處理態度，積極主動辦理民意信箱及各類公害陳情交辦案件。環保署歡迎全民善用便捷的網路系統共同監督維護大家的生活環境。