台灣地區河川水質向為大眾所重視，為提升河川水質，創造更好的生活空間，環保署郝署長日前宣布將九十一年訂為河川污染整治年，計畫從九十一年起三年內，投入三十億元，改善九條重點河川的水質，由減少污染源及打造生態河川著手；其中包括事業管制、非點源污染防治、生活污水處理、建立河川生態園區增加民眾親水空間、髒亂點消除及環境整頓等。為有效分配資源，環保署依水體的用途、重要性、污染程度及污染來源，選擇優先整治的河川，研擬具體改善策略及措施，九十一年至九十三年優先選定的重點河川包括高屏溪、朴子溪、北港溪、中港溪、客雅溪、典寶溪、南崁溪、二仁溪及將軍溪等九條，其中朴子溪將以建立河川生態園區，確保生物多樣性的生態環境為主要目標。
環保署表示，本項河川污染整治計畫強調責任區制，將九條河川分屬四個責任區負責，由該責任區統籌流域內污染源調查、策略擬訂及成效的追蹤檢討。過去，環保署係以污染來源作為責任分工之方式，即以工業廢水、畜牧廢水、生活污水、工業區管制等作為業務分工的依據。然每一條河川的水體用途、污染程度、當地民眾的參與意願等特性皆不相同，所面對的問題亦有所差異，故單一污染源的管理策略要一體適用於所有河川，執行上有所困難。本計畫重大的突破為打破過去以污染來源作為責任分工的方式，強調橫向連繫的責任區制，由責任區的負責單位結合地方政府，擔負轄區內所有污染整治的責任，以利全面掌握污染整治的內容及執行進度。另外，環保署認為相關部會的協助及民眾的參與亦為成敗的關鍵所在，將加強部會協調及協請環保團體、學者專家等參與污染防治工作，全程並鼓勵民眾參與。
九條重點河川已進行先期規劃的朴子溪，環保署說；全長61公里，於民國九十年下半年起開始規劃朴子溪流域污染整治計畫，目前具體成效為水體分類水質標準達成率已經從八十八年的29％上升至九十年的43％，且自整治計畫實施以來，九十年下半年之水質達成率為51％，已較上半年的35％大幅提昇16％，已初具整治成效。
環保署強調；整治河川首要工作為阻絕污染物進入水體，環保單位除鎖定流域內工業污染源外，自九十年九月起，環保人員進行養豬廢水處理評鑑輔導，共計評鑑養豬場一一三場、二○一場次，至九十一年一月，廢水處理設備正常開機操作率約達90％，已較評鑑前的43.3％提高一倍有餘。另環保單位商請台糖公司蒜頭糖廠提前於九十年十月底停養豬隻三萬頭，加上民間養豬場自動停養三千五百頭，共計削減污染量達24％。為避免垃圾污染河川，目前已移除沿岸十六處大型髒亂點，總計清除堆積垃圾22988噸。今年將陸續封閉復育朴子溪沿岸新港及太保兩處垃圾場。除為達到河面無垃圾的目標外，每月亦將清除河面垃圾四十噸，以加速整治成效。
為建立河川生態園區，確保生物多樣性的生態環境，並提供民眾休閒遊憩的去處，嘉義縣將於今年底在朴子溪下游完成一處三公頃面積的親水生態園區，另對四處約十三公頃生態園區進行細部設計。完成後除了能提供民眾更多的親水休閒空間，並能達到保育及復育當地自然資源及環境的目的。另外，環保署將引進生態工法，於朴子溪中洋子河段導引溪水至河岸高灘地漫流，並藉由地面植被與土壤微生物吸收與分解污染物，每天可自然處理兩千噸污水。同時進行水中曝氣輔助工法，將空氣打入河水中，增加水中溶氧量並加速有機物的分解，以達水質有效的提昇。
另為解決流域內都會區生活污水污染的問題，環保署已協調內政部營建署等單位加速污水下水道系統的建設。目前嘉義市污水下水道系統第一期實施計畫業經核定並推動執行北港路A主幹管建設。對該溪上游水源區的生活污水污染問題，環保署由日本環境省國立環境研究所引進「非都會區生活污水土壤式生物處理設施」，利用該設備免操作、免維護的優點，且處理效率可達三級處理之水準，能有效控制水源區生活污水的污染，改善水源區的水體水質。
河川污染整治另一重點為推動全民環保，今年度環保署將補助嘉義縣政府進行二十個社區水環境守望，並執行「河川生態調查、建立河川環境生物指標與生態資料庫建立、推動生物分類技能養訓」，藉由環保生態教育的過程中，使民眾認知保護河川及自然生態的重要性，進而增加民眾的參與感及認同感。經由軟、硬體整治的努力，環保署預期朴子溪流域在最短的時間內，必可回復往日風景秀麗，自然生態豐富的多樣風貌。