環保署自今（99）年起在屏東海洋生物博物館及東沙島進行環境品質監測，美國太空總署（NASA）首度支援一套國際級背景空氣監測設備，於今（99）年1月起開始聯合監測。這是我國首次與美國太空總署聯合監測南海地區環境品質，除精進我國環境監測技術能量、參與全球性國際環境監測活動外，並促進我國環境監測資料與國際接軌，分擔國際環保責任，開啟我國參與全球性聯合監測合作新紀元。
環保署於95年4月在中部海拔2862公尺鹿林山頂設置國際級空氣品質背景測站，根據三年多來的監測結果，來自東南亞生質燃燒等空氣污染物的跨國傳輸，影響範圍遍及全球，造成環境問題日益嚴重。由於我國位於東亞季風環流的下風處，在國內空氣污染逐漸獲得控制後，這類長程傳輸的污染對我國空氣品質影響愈加顯著。以大氣元素汞（主要來自人為排放，如生質燃燒）監測數值為例，迄98年底監測數據平均為1.82奈克/立方公尺（以下單位相同），其中最低值出現在95年7月1.1；最高值出現在98年5月2.49，整體趨勢呈現春季高、夏季低，比對分析氣流軌跡顯示，春季可能是受到來自中南半島的生質燃燒長程傳輸影響，而夏季氣流來自於海洋，相對較為乾淨。
環保署表示，本次監測合作，將與東南亞國家聯合監測，建立長期環境資料交換機制，瞭解南海地區環境品質，掌握東南亞地區生質燃燒污染物，長程傳輸對我國之影響。並與美方（NASA）監測設備及資料，進行技術交流及比對，拓展我國環境監測技術，強化環境監測資料與國際接軌，提升我國國際能見度。
本次聯合監測計畫，自99年起將聯合美國、東南亞國家及國內各研究團隊進行觀測，東南亞國家包括新加坡、菲律賓、泰國、越南、印尼、馬來西亞等；國內研究團隊包括台灣大學、中央大學、海洋大學及中央研究院、等，針對東南亞、南海地區，人為生質燃燒、污染物長程傳輸、自然界大氣化學特性、全球氣候變化等議題，進行環境監測，為期4年（2010至2013），將長期蒐集長期環境背景資料。
環保署同時指出，該署已於98年啟動南海地區環境品質調查及監測，針對南海東沙島、南沙太平島等地區，進行空氣品質、海域水質環境品質調查作業，逐步建立我國南海地區環境品質資料，瞭解南海地區環境品質。未來，亦將持續參與國際性聯合監測合作，掌握東南亞地區生質燃燒污染物傳送情形，釐清長程傳輸污染對我國之影響。