二仁溪是歷年台灣河川水質調查中污染程度最嚴重河川，於民國76年的綠牡蠣事件更是惡名遠播。鑑於二仁溪水質的嚴重污染，環保署於90年動員數百人力強制拆除該流域之地下廢五金業者，並投入大筆經費整治外，自91年起亦委託河川巡守計畫，結合當地社區大學及志工團體成立河川巡守志工隊，希望藉由民眾之力協助環境保護，環保單位也將加強流域內之污染源稽查，以杜絕事業之不法污染行為。
據督察總隊南區督察大隊表示，針對二仁溪污染的管制，該大隊除平日稽查外，亦加強假日夜間突擊檢查，以防不肖業者罔顧道德良心偷排廢水。今年度對該流域污染源稽查計471廠〈場〉次，查獲違法告發者即達109件，並查獲多起偷排廢水業者，其中依情節重大予以裁處勒令停工案者有二件；據該大隊表示，業者為規避法令規範及取締，手段可說是無所不用其極，若沒有詳查剖析，常會讓不法業者消遙法外，該大隊於去年即發現有一業者，曾被查獲偷排電鍍原廢水，經台南縣政府予以停工處分後，即更改公司行號，再自行復工繼續偷排廢水，真是罔顧道德良心，完全無視主管機關之行政處分，經環保單位協力再次查獲，乃予以函送臺灣台南地方法院檢察署提起公訴。另為防範該流域之廢五金業者有死灰復燃情形，該大隊每月仍派員不定期巡查，今年巡查754場次，查獲違法告發3件，其中於高雄縣茄萣鄉查獲一家地下廢五金業者仍違法熔煉，除依法告發外仍將持續機動巡查以遏止污染情事發生。
因此環保署呼籲業者應發揮道德良知，正常操作廢水處理設施，千萬別存僥倖心理，以身試法，該大隊今年度對二仁溪流域污染源將繼續列入加強管制對象，對未正常操作廢水處理設施，經查獲違法均會予以最嚴格的處分，該大隊並呼籲民眾踴躍投入環境守護行列，期能使二仁溪早日擺脫黑龍江之惡名。