針對台北市政府提出反對開放北宜高速公路坪林行控中心專用道的意見，環保署回應表示，水源水質的維護是大家的共識，有關坪林行控中心管制事宜，該署會持續依照環境影響評估法相關規定辦理。
環保署表示，有關坪林行控中心專用道開放事宜，涉及原來環評審查結果的變更，交通部國工局已提出環境影響差異分析報告送環保署審核，目前正由國工局補正資料中，未來還需要轉送環評委員及專家學者確認並提環評委員會討論後，才能做出最後決定。
至於目前石碇坪林段階段性通車，交通部所採的管制方式，環保署已依環境影響評估法進行監督，並依監督結果，限期請交通部國工局提出環境影響調查報告書及因應對策。環保署已在9月20日收到交通部國工局所送報告，將在近日邀集環評委員、專家學者及相關機關進行審查。
有關台北市環保局提出環評委員都屬新聘，應等委員熟悉此案內容再召開正式環評會議之說法，環保署也表示，本屆環評委員於今年8月遴聘，該署已曾就本案向新聘環評委員進行專案簡報。為審查交通部國工局所送環境影響調查報告書及因應對策，該署已組成專案小組，其成員除新任環評委員，也包括原來審查「北宜高速公路坪林行控中心開放供外來旅客﹙每日最多四千車次﹚環境影響差異分析報告」專案小組的專家學者及相關機關，並且已安排在召開審查會議之前，先進行現場勘查，因此不會有台北市環保局所稱「不適合召開環評會議」的情形。至於台北市政府反對開放的意見，環保署表示，會在審查會議時納入考量，此外，審查會議也會邀請翡翠水庫管理局參與。