為提供事業在申請環保許可證作業時更多元且便捷之方式，環保署已於102年2月完成全國之環保許可電子化申請作業服務，事業即可使用電子簽章及電子付費方式申辦環保許可，提供更方便之服務，使環保許可證申請邁入一新里程碑。
過去事業申請環保許可證，須上網填寫資料後再列印書面資料蓋章，並寄送至地方環保局進行審查，另以臨櫃或郵局匯票方式繳納審查費或證書費。環保署為簡化申請付費作業方式，於空、水、廢、毒環保許可證申辦系統整合之單一入口網站－環境保護許可管理資訊網(EMS)（http://ems.epa.gov.tw），陸續於100年導入電子憑證（工商憑證或自然人憑證）登入EMS資訊網，101年提供以電子憑證進行電子簽章方式提送環保許可申請，現(102年)事業繳費則提供電子付費（即信用卡、晶片金融卡、金融帳戶）之網路繳費方式繳納許可審查費或證書費，完成環保許可電子化申請作業服務，有別於原本之作業方式，提供另一安全便捷且多元之申請服務。
環保署表示，環保許可電子化申請付費作業先於101年4月以五都為試辦單位，今(102)年2月起完成全國功能上線供事業選擇使用，希望藉由此電子化方式，提升事業許可申辦業務之效率，且減少紙張消耗，最重要是以「網路取代馬路」，減少事業單位舟車勞頓之辛苦，請各事業單位多多利用。