環保署於98年9月21日至27日派員搭乘海巡署運補船艦，順利完成南沙太平島及附近海域空氣品質、海域水質環境品質調查。分析結果顯示，南海地區及南沙太平島空氣品質監測數據，多數接近於空氣品質背景測值，並低於台灣各測站監測資料；各測點海域水質皆符合甲類海洋環境品質標準，環境品質佳。本次採樣計畫，為我國首次掌握國際最南端的環境品質，具有突破性的重大意義。
在空氣品質方面，本次採樣針對揮發性有機物（VOC）、二氧化碳、大氣汞等項目進行監測，揮發性有機氣體（VOC），丙烷、丙烯、己烷等，平均濃度分別為0.26、0.77、0.27 ppb（十億分之一）；二氧化碳測值介於370.49 ~ 399.09 ppm（百萬分之一）之間，平均濃度380.1 百萬分之一；大氣汞平均濃度2.06 奈克/每立方公尺。監測數據大多較台灣各地區低，接近空氣品質背景濃度，顯示受污染情況較少，數據如附表1。
在海域水質方面，營養鹽除磷酸鹽較為偏低外，其餘如矽酸鹽、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、氨氮等項測值均與東沙島、南沙群島等區域海水測值相近，介於背景值範圍；其餘項目亦符合甲類海洋環境品質標準，水質狀況良好，數據如附表2。
環保署表示，本次南海環境品質採樣計畫，為我國首次掌握國境最南端的環境品質，拓展環境監測的空間尺度與技術能量，具有突破性的重大意義。本次採樣數據已公布於環保署網站上，歡迎民眾利用環保署網站(http://taqm.epa.gov.tw/taqm（空氣品質）、http://wqshow.epa.gov.tw/（水質）)查閱相關資料。