七二水災後環境清除工作，根據環保署資料顯示，截至七月九日為止，各縣市環保單位已清除二萬三千公噸垃圾，三萬七千公噸污泥，投入清潔人力一萬五千人次，消毒面積已完成四千六百公頃。環保署已協調國軍化學兵部隊以空運方式進入和平鄉山地部落、谷關、博愛、梨山等地區進行環境消毒工作。並督請地方環保單位加強災區收容所環環境衛生及山地部落垃圾清運工作，以防範疫情。環保署表示，由於受災縣市包括雲林等縣市積水均已退，環保署已緊急通知各縣市加派清潔人力並協請國軍支援人力，除南投縣仁愛鄉等少數部落需視交通是否恢復外，其餘縣市受災地區垃圾預定七月十一日前可清理完畢。
另外，為確保飲用水水質安全，環保署已督促地方環保局及自來水事業單位加強飲用水水質抽驗工作，累計至今日飲用水水質計抽驗六九六件，檢驗結果除苗栗縣卓蘭鎮一處自來水間接供水因濁度質偏高及二處民眾自行引用未經消毒設施處理之山泉水大腸桿菌群密度項目超出飲用水水質標準外，餘均符合飲用水水質標準。環保署表示，民眾若自行引用山泉水應確實消毒或煮沸後再飲用。環保署再次呼籲，災區民眾若對飲用水水質有疑慮，可向當地環保局申請代為檢驗，或撥打環保署服務專線─0800231885尋求協助。