93年起針對全國12萬家工廠進行全面調查，經過評估篩選、發現污染，即要求進行改善。在環保機關監督管理下，已有71處污染場址完成污染改善解除列管，有效達到預防污染擴散之效果，尚未完成改善31處污染場址，環保署將持續積極監督事業儘速完成污染改善工作，預計於5年內完成污染改善解除列管。環保署逐年積極調查全國廢棄工廠，後續尚有約500家屬紅、橘燈工廠，將彙整工廠清冊及分類後，規劃移交地方主管機關持續調查，預計3年內完成廢棄工廠調查工作。
另在多年調查過程中，已完備環境風險篩檢機制及管理系統平台，並且已建立預防管制措施，依土壤及地下水污染整治法要求列管事業，於工廠土地移轉、設立登記、歇業關廠前需執行用地土壤污染評估調查及檢測，以雙軌並行的管理方式，完備全國工業場址的污染預防管理。
執行調查工作，首先依污染潛勢業別篩出約42,000家高污染潛勢工廠，並以廢棄工廠調查作業標準及技術手冊，完成基線資料實地盤查，以掌握土地使用現況、原有設施及周遭環境敏感受體等資料，依盤查結果篩出3,500家工廠進行燈號篩檢，其中屬高、中風險之2,200家進行環境場址評估作業，藉由工廠資料蒐集、現場實地勘察、員工民眾訪談等，掌握工廠潛在污染來源、污染種類及分布區域，評估工廠污染潛勢，篩選175家廢棄工廠逐一完成調查，發現102家有土壤或地下水污染情形，發現率高達約58%。
環保署並建立之廢棄工廠環境風險篩檢機制及管理系統平台，依原工廠所登記面積、營運年期、業別特性、所在位置之污染傳輸途徑及受體風險等特性，進行污染潛勢風險評分，建置廢棄工廠污染潛勢地圖，善加運用工廠調查行政資源，並獲得臺灣智慧財產局「工廠環境風險篩檢方法」及「廢棄工廠環境風險篩檢系統」2項專利。另廢棄工廠分佈遍及全臺，為提升現場工作執行效率及品質，環保署成功開發現場作業輔助系統，可即時將現場作業成果立即上傳，以「環境場址評估之圖資處理與輸出系統、電腦程式產品及其方法」取得臺灣智慧財產局專利。環保署應用上述工具，達成「短程先導示範、中程全盤掌控、長程有效管理」之行政管理效能。
由於工業生產過程是土壤及地下水污染主因，加上產業型態的轉變，許多工廠外移、遷廠、停業或關廠後，因廢棄物無妥善處理、廠房無人管理或土地釋出開發等，更容易造成污染的擴散，為能完善廢棄工廠之管理，環保署在土壤及地下水污染整治法第8、9條規定，要求公告事業於94年1月1日以後，於工廠土地移轉、設立登記、歇業關廠前需執行用地土壤污染評估調查及檢測，以雙軌並行的管理方式，完備全國工業場址的污染預防管理。環保署表示，廢棄工廠調查計畫十餘年來累積相當多的經驗及成果，未來將加速污染場址整治、強化業者自主管理、推動環境責任保險等工作，以強化工廠之土壤及地下水污染預防。