關於外界所關注的垃圾清除處理費是否應該調漲及垃圾清除處理費徵收是否應因地制宜事項，環保署表示；據廢現行棄物清理法第十一條規定，中央制定收費辦法要衡酌地方的清除方法及處理設備的成本及費用定之，另依地方制度法的規定，環境保護事項為地方自治事項，所以環保署於八十九年十二月二十七日修正通過之一般廢棄物清除處理費徵收辦法即是依據此二法的精神擬定。
各縣市對垃圾的處理有不同的清除方法及處理設備，其清除處理成本勢必不同，在廢清法未修正前，係由環保署統一訂定垃圾清除處理費收費標準，導致許多縣市收費不足，影響其垃圾處理品質，故修正收費辦法由各縣市依其指定清除地區的特性，訂定公告清除處理費金額，因此各縣市政府本應有不同的費率。
環保署說；另地方自治的實施，環境保護事項的補助款已由行政院直接以統籌分配款的方式交由縣市政府分配使用，環保署自今年起已不再編列預算補助地方政府購置垃圾車。而垃圾處理場之設置補助亦到九十一年度為止，以後不再補助。修正後的垃圾收費辦法規定地方成立基金，即是為地方開闢財源，將來垃圾清運、處理的機具、設備、設施費等將由徵收垃圾費的收入來支應，以因應未來汰換垃圾清運處理機具及設置垃圾處理設施等之用。
環保署強調；垃圾清運機具、垃圾處理設施、設置等經費均是由中央專款補助，故清除處理費的徵收並未完全反映垃圾清理成本，誤認為垃圾的清理費用不需很高成本。而修正後的收費辦法是要求地方要實際精算垃圾清理成本，成本項目包括垃圾清除、處理業務的管理成本、人工成本、操作維護成本、處理場（廠）土地使用成本、回饋金，及階段性分年攤提垃圾清除處理機具、設備、設施及復育費並成立基金以因應未來的需求，至於實際應徵收費用的高低，應由地方政府計算後依相關程序公告，環保署亦贊同分年反應清除處理成本，如有徵收不足，除利用統籌分配款支應外，亦可自行編列預算支應，現階段各地方政府，應宣導民眾及民意機關了解垃圾處理的成本是非常昂貴的，並鼓勵民眾避免資源浪費，減少垃圾的產生。