環保署表示，鄉鎮市公所基於清潔人員、技工專業能力與人力不足，部分掩埋場操作營運管理不善，未確實每日覆土而產生惡臭，滲出水溢出污染地面及地下水。為確實改善掩埋場滲出水問題，除積極推動滲出水集中處理，並促請環保局提出地下水標準監測井增設，防制二次污染發生，全面體檢轄內掩埋場現況，並將營運管理監測情形做成記錄。
依據90年10月24日修正廢棄物清理法第5條第5項規定，縣環境保護局應於93年7月14日前完成一般廢棄物工作調整，由縣環境保護局統一處理，截至目前為止，臺北縣與連江縣已由縣全面統一處理，臺南縣、屏東縣與澎湖縣轄內各有1處區域掩埋場由縣直接負責外，其餘均尚未由縣環保局統一處理，鑑於掩埋場土地、產權，目前多屬鄉（鎮、市）公所，縣環境保護局要求接收營運或調度，仍有交接、人力及經費籌編等問題，惟為提昇掩埋場有效管理，仍請縣環境保護局積極協調，儘量朝減少或封閉掩埋場為目標，控留必要且縣環境保護局有把握做好營運管理之場次即可。
為避免掩埋場因營運管理不善影響環境，環保署已於94年7月底進行第一波公有垃圾衛生掩埋場強力稽查，於94年7月27日至8月2日共稽查49場次，稽查結果違反廢棄物清理法第12條規定暨一般廢棄物回收清除處理辦法告發共計24場，告發率49％，告發原因主要為每日未確實依規定覆土。其中彰化縣溪湖鎮、嘉義縣義竹鄉未取得廢水排放許可證而排放廢水，而新竹縣關西鎮垃圾場因滲出水收集井返送馬達故障而排放廢水，經採廢水樣品檢驗結果未符合放流水排放標準，另依違反水污染防治法第14條及第7條規定告發。
環保署目前已研擬掩埋場全面體檢計畫，並於94年9月14日邀集直轄市及各縣市環境保護局研商各縣市公有垃圾衛生掩埋場營運管理總體檢事宜，要求各級環境保護局應於94年10月15日前全面確查各掩埋場現況，並以資訊公開的精神將結果公布，如有污染之虞者，除依程序提出補助申請，儘速完成改善及定期檢測外，將於94年10月15日以後，再針對各縣市掩埋場體檢結果進行第二波重點稽查工作，對於有污染之虞之掩埋場將要求改善或封場，並即進行二次污染防治改善、復育及植生綠美化工作，規劃生態復育後之再利用場所。