巴拿馬籍「Morning Sun」號貨輪(汽車船)於10日晚間據通報10時20分在台北縣石門鄉十八王公廟外海約300公尺處擱淺，船艙內有493公噸重油、66公噸柴油，如果天候許可，預估於11月19日起進行抽除殘油，18 天內可完成抽除作業。
環保署沈世宏署長於11日清晨2時許即抵達事故現場，實際瞭解油污染情形，除指示立即調集相關污染應變器材外，並於當地成立24小時跨部會前進指揮所緊急應變中心。因船底油艙破裂，洩漏油料已造成十八王公廟沿岸約3公里海岸污染。
環保署表示，目前跨部會前進指揮所設置於石門鄉公所，有效整合了海巡署、基隆港務局、農委會漁業署、台北縣政府、金山區漁會、觀光局北觀處及船東等公私部門進行相關油污染清除工作，並統籌所有應變資源及人力。船東保險公司於事件發生後，即委託國內污染清除公司與日本海事救難公司負責污染清除工作。應變中心指示除命加速已受污染岸際油污清除作業外，並要求儘速提出船上殘油抽除作業；俟船上殘油抽除完成後，再由交通部督導主政後續船體移除作業。
環保署指出，事件發生迄今(17日)，已召開7次應變會議，第一次會議由署長主持。嗣後歷次會議均由環保署邱文彥副署長主持，會中除了解除污工作之進行情形外，並指示船東提出油料移除計畫，要求船東應縮短船上殘油抽除期程、對鄰近敏感地區加強防護、生態資源受損地區進行調查蒐証項目，以及要求加派人手儘速完成岸際油污清除等工作。歷次會議中，環保署均請與會機關指派專人協助辦理決議事項，船東所提抽油計畫將視海象狀況，滾動檢討，務期儘速將餘油抽取及妥善處置。環保署統計，至17日止，已動用當地村民人力1,511人次，完成約3公里海岸油污初步清除，共計清除20.5立方米油污及74.22公噸廢棄物，所清除產生之含油廢棄物，已協調送至台北縣八里焚化廠處理。
環保署進一步說明，目前污染部分為難船擱淺地點以西至聖安宮間700公尺海岸線，大部分清除人力均已集中於該一區段作業。環保署評估，如船體殘油未再持續洩漏，主要油污染區域將可於一周內清除。此外，為防範洩漏油污影響附近沿岸敏感區域，該署已命清除公司加強漁港、遊憩沙灘、石藻礁盤、核電廠取水口等地點之防護油污措施，台北縣環境保護局亦協助海域水質監測，已進行9處海域、船上油品及岸際污油採樣工作。
另船上殘油部分，日本海事救難公司15日調派漁船及潛水人員勘查船體，因目前船體緊密接觸海床，尚無法確認漏油點。但日內將儘速於船上與岸上架設流籠，以利將人員及設備運達船上，加速殘油抽除作業。如果天候許可，預估於11月19日起進行抽油作業，18 天內可完成船上殘油抽除作業。
環保署補充，行政院農委會漁業署已委託海洋大學全力協助漁民進行污染損害賠償及生態損失評估求償，同時已進行11個測點(含水樣、魚樣、生物樣)之監測採樣工作。
環保署最後表示，應變中心另首度要求肇事船員投入清理及除油工作，以協力解決當前問題，這是過去没有採行過的新作法。本次船難事件經各單位通力合作，目前已掌握油污洩漏情形，將協助清除公司在最短時間內完成油污清除作業，後續再由基隆港務局接續船體移除工作，農委會漁業署亦將彙整漁業損失相關資料，進行後續求償作業。