環保署自88年起全面清查全國非法棄置情形，其中棄置高危害性廢棄物場址均已清除完畢，惟土壤及地下水污染整治法於89年通過後，為了解其餘經評估判定之低危害性場址長期堆置對附近土壤及地下水之影響，因此該署於98年至101年期間展開全面調查，發現其中45處有影響土壤及地下水之疑慮，隨即進行查證確認工作，共計查出15處場址有土壤及地下水污染情事。
調查發現的15處污染場址，其中以彰化縣7處最多，其次為屏東縣3處，高雄市及臺南市各有2處。
經調查15處場址土壤其中6處受重金屬污染，4處地下水則為總酚、萘、苯及重金屬鉻污染，棄置之廢棄物包括一般廢棄物（市鎮垃圾）、營建剩餘土石方（砂、泥、礫石及磚塊等）、及事業廢棄物（布、塑膠、及桶裝廢棄物等）等，其中7處場址發現有害事業廢棄物。
對於該批污染場址處理方式，環保署表示，後續將移請各縣市政府豎立告示標誌或設置圍籬，提醒民眾注意，並同時依廢棄物清理法第71條規定，命相關責任人（土地所有人、管理人或使用人）儘速辦理廢棄物清理工作。另基於保護民眾健康，環保署已針對場址周遭民井地下水及農地土壤辦理調查作業，確認前述污染場址周遭地下水及農地表土皆未受污染，後續則依土壤及地下水污染整治法相關規定進行管制。
非法棄置場址涉及廢棄物清理及污染整治兩個層面，為能兼顧廢棄物清理法與土壤及地下水污染整治法相關規定，環保署已建置非法棄置場址管理架構，並訂定土地遭棄置廢棄物清理之相關標準作業程序規範，期能透過建置完善管理架構，有效解決非法棄置場址可能衍生之環境污染問題，恢復場址土地利用，以達保護民眾健康、環境安全及土地永續利用之目標。