為確實掌握事業廢棄物流向，避免不肖業者非法棄置， 93年上半年行政院環保署已擬定稽查專案，由各區督察大隊及環保警察隊執行現場稽查，共計稽查1,739家次、告發處分96家次，已有效遏止廢棄物非法傾棄行為。
環保署於89年10月21日奉行政院核定成立「事業廢棄物管制中心」，建立電子化管制系統，加強查察事業廢棄物流向，目前全國列管應上網申報產出廢棄物的事業約為13,000家，每日上網申報家數達12,000人次，已建立完善查核機制。環保署表示，為加強勾稽管制流向，已自91年4月起成立「事業廢棄物流向追蹤及查核專案小組」，每月定期研訂專案稽查計畫，結合該署環境督察總隊、環保警察隊及相關處室，針對易遭非法棄置及非法輸出國外的事業廢棄物，優先辦理勾稽稽查。
依環保署資料顯示，93年1月至6月優先針對產出污泥、有害廢液的事業執行專案稽查，其中污泥稽查269家次，告發處分34家次，違反主要原因多為廢水處理污泥或製程產出的含銅污泥短漏報；有害廢液稽查63家次，告發處分5家次，主要為短漏報廢酸蝕刻液的再利用或處理情形。另針對再利用及清除、處理機構稽查169家次，告發處分37家次，違規原因包含未符合再利用管理辦法、私設貯存場或轉運站、委託代申報致清運時間不符…等。各相關稽查專案各縣市環保局亦配合該署同步執行，以達全面清查的功效。
另環保署已自九十一年底至今公告二批事業廢棄物清運車輛，合計815輛應裝置GPS全球衛星定位系統，追蹤清運車輛的軌跡，並配合產源的申報資料，可勾稽其超量及不法載運。本(九十三)年三至五月間，有查出違規未裝GPS車輛的清除機構共52家；另有12家清除機構30部車輛，於五月份有清運超量的情形發生，目前稽查處分中。環保署表示，該署預定於本年底前公告第三批清運機具應裝設即時追蹤系統（GPS）。另環保署亦已開放即時和歷史軌跡資料予車輛業主查詢，以共同監看其駕駛的清運作業，避免不法。
該署表示，除整合GPS加強稽查外，亦結合相關公會，並對事業進行輔導及評鑑作業，期以稽查及輔導雙管齊下，更有效管理事業廢棄物。
環保署呼籲業者，應依規定誠實申報事業廢棄物流向，並妥善處理，以保護環境。若民眾發現有違法清運廢棄物車輛時，請儘速打免付費電話0800066666聯繫。