九十一年為環保署的河川污染整治年，在九條重點整治河川中，朴子溪即為其中之一。環保署自九十年下半年起即開始規劃朴子溪流域污染整治，以建立生態河川，確保生物多樣性為主要整治目標，目前已展現具體成效。生化需氧量等四項綜合水質標準達成率已經從八十八年的27%上升至九十一年一至八月之33%，而與河川生態最有關連之溶氧達成率更由45%上升至73%，顯見自整治計畫實施以來，水質已逐漸改善。
依據環保署針對朴子溪污染源結構調查分析結果顯示，朴子溪的污染以生活污水佔大宗，占百分之七十五，畜牧廢水占百分之十三，非點源污染占百分之五，而事業廢水占百分之七。為削減主要污染源之一的畜牧廢水，環保署自九十年九月起完成114處、201場次養豬場評鑑，並提昇廢水處理設備操作率，從 43 % 到 90 %，及輔導停養 33,500 頭豬，總計削減 24 % 的畜牧廢水污染量。此外，採用生態工法的方式，上游以土壤處理生活污水及非點源污染控制技術改善水源區水質，中游採高灘地漫地流及曝氣式輔助工法以削減水中有機污染物，下游則以建立河川生態園區為目標
對於朴子溪上游水源區的生活污水污染問題，環保署由日本國立環境研究所引進「非都會區生活污水土壤式生物處理設施」，利用該設備免操作、免維護的優點，且處理效率可達三級之水準，能有效控制生活污水污染，改善水源區的水體水質。目前該項工作正進行細部設計中。
環保署並已在朴子溪上游的竹崎鄉金獅村完成一座水源區非點源污染控制示範場，可收集 0.6 公頃聚落及茶園之初期暴雨逕流，結合草帶及入滲溝並舖設植草磚，可阻截 70% 懸浮固體及 40% 營養鹽，預計十年後仍可維持 50% 去除效率。本項技術將持續推廣至其他各地河川之污染整治。
環保署也在朴子溪中洋子河段導引溪水至河岸高灘地漫流，藉由地表植被與土壤微生物之吸收與分解污染物，每天可自然處理兩千噸污水，削減50%污染物。同時在朴子溪主流麻寮段月眉潭橋上游架設四組曝氣機，驗證藉由機械曝氣方式，於枯水期時亦能維持下游水質惡劣河段最低溶氧1.0mg/L以上之目標。
為確保生物多樣性的生態環境，並提供民眾休閒遊憩的去處，環保署過去已補助嘉義縣政府於竹崎鄉完成一座綠美化公園，今年底在朴子溪下游屯子頭將再補助該縣完成一處三公頃面積的親水生態園區，另對六處約廿四公頃生態園區進行細部設計，預計在九十二年初完成。完成後除了能提供民眾更多的親水休閒空間，並能達到保育及復育當地自然資源與環境的目標。
河川污染整治另一重點為推動全民參與環保，今年度環保署已補助嘉義縣市政府執行三十六個「社區水環境守望」，共有六百餘位守望義工參與，積極防止違法偷排、偷倒等行為。為建立全民環保生態教育之目標，縣環保局並執行「河川生態調查、建立河川環境生物指標與生態資料庫建立、推動生物分類技能養訓」，在竹崎鄉圓崇國小設置環境生態園及自然教室，辦理三梯次的「生物分類技能養訓及生態調查教育訓練班」。藉由環保生態教育的過程，使民眾認知保護河川及自然生態的重要性，進而增加民眾的參與感及認同感。
最後環保署表示，朴子溪流域經由軟、硬體整治以及全民共同參與的努力，預期在最短的時間內，必可回復往日風景秀麗，自然生態豐富的多樣風貌。