八月二十三日艾利颱風來襲前夕，行政院環保署除立即成立該署緊急應變小組，並派員進駐中央災害應變中心，妥為應變。環保署於二十三日通知各縣（市）環保局依災情待命，及完成廢棄物清理、環境消毒及飲用水抽驗等相關準備工作，於風災過後立即可進行各項環境清潔及消毒工作，必要時將請求國軍部隊派員協助。
由於此次艾利颱風會帶來豐沛雨量，可能造成局部地區嚴重淹水情況，環保署緊急應變小組特於今（二十四）日上午起再以電話聯繫各縣市環保局，確認應變整備情形，各縣市回報皆已完成待命。該署張署長祖恩親自帶領蔡副署長丁貴及林副署長達雄坐鎮環保署災害防救緊急應變小組並主持應變會議。會議中指示該署緊急應變任務應針對災後飲用水、環境清理、環境消毒及環保設施安全等事項應加強防災整備，使本次環保災情能夠降到最小，災後環境復原儘快完成。
對於環保設施部分，各運轉中垃圾焚化廠已加強相關安全應變措施，台北市〈內湖、木柵、北投〉、台北縣〈新店、樹林、八里〉、桃園縣〈南區〉、新竹市〈南寮〉等縣市之焚化廠已成立應變小組，由環保單位及相關人員進駐廠內，處理相關事宜。 另施工中之基隆廠及宜蘭利澤廠工地，亦已成立應變小組，備妥相關機具，並派員定期巡查工地現場，審慎防範災害發生，確保工地安全。又對於各縣市所轄垃圾掩埋場亦通知地方環保單位應加強邊坡安全預防及監控。
該署為執行颱風期間的環境整頓和廢棄物清理工作，各縣市都已使用環保署開發完成的「天然災害污染防治資訊管理系統」，上網及時通報各項人力、機具、用品及設施等相關準備情形。環保署災害應變中心除了已掌握各縣市政府準備情形之外，並就苗栗以北之縣市加強聯繫，要求縣市環保局針對街道、重要河川水道、低窪地區等加強垃圾及廢棄物棄置巡查並適時清理，避免因廢棄物阻塞導致淹水情況發生。環保署也要求各縣市環保局應與鄉鎮公所密切聯繫，備妥廢棄物臨時堆置場所，並掌握垃圾衛生掩埋場狀況，使災後廢棄物清理工作得以順利執行。
有關飲用水安全方面， 環保署表示，颱風期間水源水質濁度較高，自來水公司處理時需使用較多藥劑量，除消毒水味道較濃外，對人體並無影響，民眾仍然可安心飲用；如擔心消毒水味道，可將自來水放置一段時間（約半天）再煮沸飲用（用戶宜煮沸後掀蓋多煮三至五分鐘），就可減低消毒水味。因颱風後水源原水濁度增加，環保署提醒請家戶預存乾淨飲用水備用，災後濁度較高期間，飲水請確實煮沸再喝；颱風過後，蓄水池如淹水應確實清洗消毒後再行蓄水，以確保飲用安全。