行政院環保署95年抽驗全國25個直轄市、縣市轄區飲用水水質，抽驗結果顯示，自來水供水系統及簡易自來水供水系統中會影響人體健康之重金屬、農藥、揮發性有機物及消毒副產物總三鹵甲烷等33項目，其中除雲林縣麥寮鄉麥寮淨水場測點95年6月砷測值超過飲用水水質標準外，其餘測點均合乎飲用水水質標準。另離島金門地區自來水中總三鹵甲烷測值偏高，測值介於0.0605～0.0727 mg/L (管制標準為0.08 mg/L )，較全國其他地區偏高，環保單位將持續追蹤檢測要求改善。
環保署表示，為確保國人飲用水的安全，該署特委託檢驗測定機構抽驗164處自來水供水系統及36處簡易自來水供水系統之水樣水質，每1個抽驗點各檢測1次，共計採取200個水樣，檢測民眾較關心且有影響人體健康之虞的重金屬(砷、鉛、硒、鉻、鎘、鋇、銻、鎳、汞、銀)、農藥(安殺番、靈丹、丁基拉草、2,4-地、巴拉刈、納乃得、加保扶、滅必蝨、達馬松、大利松、巴拉松、一品松、亞素靈)、揮發性有機物(三氯乙烯、四氯化碳、1,1,1-三氯乙烷、1,2-二氯乙烷、氯乙烯、苯、對-二氯苯、1,1-二氯乙烯)、氟鹽及消毒副產物總三鹵甲烷等33個項目，其中總三鹵甲烷是加氯消毒副產物，經世界衛生組織(WHO)歸類為可能致癌物質。(管制標準如附表)
環保署表示，離島金門地區因地理環境水資源缺乏，致水源水質變化較大且不穩定，自來水淨水處理上須憑藉相當經驗才足以掌控處理該地區原水水質，所以處理後之自來水水質較難掌握。95年8月檢測金門縣烈嶼鄉后頭供水系統（深水井）、太湖淨水場及榮湖淨水場之總三鹵甲烷測值偏高，測值介於0.0605～0.0727 mg/L (管制標準為0.08 mg/L )，較全國其他地區偏高。該署為積極提升榮湖、太湖等湖庫水質，已補助金門縣政府規劃以溼地工法減輕湖庫有機污染物；另內政部營建署亦正規劃辦理加速興建榮湖集水區污水下水道家戶接管以及榮湖污水截流系統，以有效改善金門地區飲用水水質及水源水質。金門縣環保局亦同步加強檢測總三鹵甲烷，並要求金門縣自來水廠檢討淨水場水質之處理流程、操作方式、加氯量，並加強總三鹵甲烷之水質監測。
至於環保署於95年6月1日檢測雲林縣麥寮鄉麥寮淨水場測點砷測值為0.0139 mg/L，超過飲用水水質標準(0.01 mg/L)部分，經查係因該淨水場抽取含砷量偏高之第17、19及20號深井作為水源，環保署當時即通知台灣省自來水公司停止取用，並要求其對取用水源進行檢討。後麥寮淨水場水質經後續2次追蹤檢測，其砷測值均符合飲用水水質標準，針對麥寮淨水場砷測值違反規定部分，雲林縣環保局已依飲用水管理條例予以處罰。
環保署強調，飲用水品質是民眾日常生活關切事項，也是政府施政的重點。依本次委託抽驗全國飲用水中重金屬、農藥、揮發性有機物及總三鹵甲烷等有害健康項目的結果得知，水質抽驗合格率，以縣市而言，除雲林縣麥寮鄉麥寮淨水場測點之水質合格率為97.0%外，其餘各檢測點之水質合格率皆為100.0%；而就抽驗點而言，除砷之檢測點合格率為99.1%外，其餘各分析項目之檢測點合格率皆為100.0%，顯示公共供水品質已具安全性與穩定性，惟針對部分項目測值較高之地區，環保單位將持續進行飲用水水質的監測，並要求自來水事業強化淨水場水質處理流程、操作方式及加強水質的監控，督促自來水事業單位提升淨水處理技術。