針對屏東縣政府與台塑公司就屏東縣赤山巖汞污泥案和解一案，環保署指出，本案係由於八十五年間運泰公司在赤山巖非法棄置含汞污泥達八千餘公噸，經屏東縣政府向台塑公司執行行政處分，台塑公司不服，向高雄高等行政法院提起行政訴訟。本案在高雄高等行政法院一再諭知雙方和解的情況下，於本月十五日完成和解程序。至於有部分汞污泥下落不明問題，環保署與高雄縣市及屏東縣環保經歷年來追查結果，尚有一、八五○公噸仍未尋獲，該署與各地方環保局仍將持續查察。
環保署表示，赤山巖汞污泥經該署採樣分析其含汞濃度超過二六○毫克／公斤，屬有害事業廢棄物，當時即督促屏東縣政府緊急清理現場，並以三七三只貨櫃、八九一包太空包裝置，以防止環境污染擴大，同時嚴促屏東縣政府追查責任及求償政府支出費用。屏東縣政府乃於八十九年間對台塑公司執行行政處分，唯台塑公司不服，向高雄高等行政法院提起行政訴訟。高雄高等行政法院受理本案後，於九十一年三月開庭，認為本案發生於八十五年，依當時之廢清法規定，廠商如將廢棄物委託合法處理業者，則處理業者有違法情事，並無法律依據追訴廠商連帶責任，因此諭知雙方在節約行政成本及儘速解決本案造成之環境問題考量下試行和解，並於其後六次開庭均一再諭知雙方和解。
環保署在法院一再要求和解的情況下，乃研析本案合理解決之道。由於該案之有害事業物含汞濃度高達二六○毫克／公斤，依法規規定不得直接固化掩埋，必須以熱處理方式先行回收污泥中之汞，而國內目前尚無擁有該等處理設施與專業人力之代處理公司。環保署一度有意送往國外處理，唯經訪查境外處理經費高達五億元，期程須十八個月以上，有運送風險，且有違反「巴塞爾公約」規定之虞；如果由國內廠商代處理，由於並無符合規格之廠商，勢需設置臨時處理廠，不但經費高達四億元，至少費時二年，且有專業不足之風險。
而台塑公司當初為處理自其柬埔塞運回之汞污泥，曾由環保署同意專案設廠，其處理績效並經專家學者組成之專案監督小組評鑑尚屬良好，為目前國內唯一有專業處理能力之工廠。經一再評估，環保署認為在儘速處理該批汞污泥並節省國家公帑的考量下，利用台塑公司該專案廠之設備與人力經驗，應為唯一之解決辦法，乃依承審法官之建議，試行邀集雙方協議，各方咸認為方向可行，惟處理費用始終無法達成共識。經多次協商，六月二十三日承審法官建議台塑將處理成本由其原本估計之二億七、五○○萬元減為九千萬元。
另外，本案因台塑公司不服該公司處理自柬埔寨運回之汞污泥中被環保署沒收保證金五、○○○萬元，向台北高等行政法院所提之抗告案，高雄高等行政法院審析該筆款項交給環保署作為汞污泥專案處理費用，有益當地環保公益，亦不違反該保證金切結授權之範圍，遂於本案中併案和解。
本案雙方於八月十五日在高雄高等行政法院共同簽署和解書，台塑處理該批汞污泥之費用為九、○○○萬元，其中五、○○○萬元由環保署沒收之保證金移做處理費用，政府實際支付費用為四、○○○萬元。環保署表示，未來仍將督促屏東縣政府向本案其他相關關係人，包括土地所有人、管理人等求償熱處理費用九、○○○萬元。
環保署表示，赤山巖該批遭棄置之有害廢棄物在現場貯存已逾七年，雖經包裝，對環境仍有嚴重潛在威脅，因此速謀妥善處理該批污染物是環保署首要考量。在法院之見解本案依案發時之法律規定，難以追訴廠商連帶責任，且法官一再諭知和解的情況下，環保署乃在尊重法官見解的原則下，以最有效且節省國家公帑的方式，同意屏東縣政府與台塑公司和解，以維護當地環境及民眾之健康。