環保署於107年6月19日修正發布「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」，調整許可管制作為，包括：許可分級管理；屢次重大違規，三年內不再核發許可；經技師簽證查核事項核發機關免再審查；簡化變更、功能測試及退補正之條件；一次性審查原則；簡化未違規者申請文件；完備試驗計畫停止試驗程序等，提升許可審查效率及品質，鼓勵守法及預防蓄意違規等規定。
環保署表示，本次修正係以鼓勵合法業者，簡化許可申請；杜絕非法投機，強化審查管理之精神，促使非法業者主動守法，集中行政資源全力打擊重點非法事業，故調整必要管制作為。相關重點如下：
一、許可分級管理，水污染防治措施計畫（以下簡稱水措計畫）或許可證（文件）之對象區分為特定、一般及簡要3類對象。特定對象為水污染防治法第14條之1規定應揭露污染物之事業，風險潛勢高，除應技師簽證及功能測試外，強化污染物應揭露項目需專家協審規定；一般對象如工業區、染整、製革、金表、電鍍等廢水特性複雜業者，每日達100公噸或原廢水含有害物質者，須功能測試及技師簽證；簡要對象如砂石業、畜牧業、服務業等廢水特性單純之事業，免試車、功能測試及技師簽證等規定。
二、事業於3年內經主管機關裁處停工（業）2次以上、認定情節重大2次以上之嚴重違規情形，且經廢止其水措計畫或許可證（文件），自廢止之日起3年內不得再申請水措計畫或許可證（文件）。
三、簡化事前變更及應執行功測之條件，如廢（污）水處理設施單元汰舊換新、廢（污）水處理設施單元之附屬機具設施、厭氧沼氣收集袋或貯存槽之改善，及縮減用水量、廢（污）水產生量，且未涉及廢（污）水處理設施、操作參數或其他登記事項，修正為事後變更；縮減每日最大用水量、廢（污）水產生量或改善原廢（污）水水質，致變更涉及廢（污）水處理設施或其操作參數，因其非屬降低廢（污）水處理功能，免辦理功能測試。
四、明確涉及廢(污)水處理設施功能及設備之事項由簽證技師負專業責任。
(一)為提升審查效率，以行政與技術分開審查原則，增訂經技師簽證者，免核發機關審查之規定，同時非屬應技師簽證者，經技師簽證亦免審查。
(二)另為促使技師確實審查水污染防治措施計畫或許可證（文件），明定經移送懲戒或經懲戒確定之技師，其所簽證之文件，一定期間內不適用免再審查及免邀請專家學者審查之規定。
五、提升審查效率，增訂一次性審查規定，申請文件應補正時，主管機關應先提供相關諮詢，並將審查意見一次性提供。審查範圍，不得及於申請、變更或展延申請內容以外之事項。
六、為鼓勵守法，申請日前一年內未有違反水污染防治法情事經主管機關處分者，簡化許可申請程序，僅須上網公開核發機關核准之水措計畫核准文件、許可證（文件），免再上網公開相關資料與後續補正之文件。
七、為推動畜牧糞尿資源化處理措施，簡化水污染防治許可證（文件）變更程序，畜牧業許可僅需於變更或展延時併同登載水污染防治措施及檢測申報管理辦法所定資源化處理比率。另畜牧業取得農業主管機關核准農業事業廢棄物個案再利用者或沼液沼渣農地肥分使用後，免再納入許可登記，環保主管機關將另於管理系統登錄管理。
環保署強調，本次修法後，主管機關可集中資源於重點非法事業查核管理，落實技師簽證品質，同時提升審查效率。呼籲業者確實守法，即得享有簡化申請文件程序及減輕負荷之優惠，如未遵行水污染防治法規定，將遭嚴懲並加重行政申請程序及負擔。
有關本次修正內容請參閱環保署新聞專區下載附加檔案（https://enews.epa.gov.tw/enews/fact_index.asp），或於發布日3日後至行政院公報網站（網址：http://gazette.nat.gov.tw/egFront/index.jsp）下載參閱。環保署已規劃針對修正內容舉辦宣導說明會，以利業者及核發機關依新規定辦理。