環保署在馬總統97年5月20日就任後，為落實 總統「健康、永續、顧台灣」之環境政見，即擬定172項應辦事項，在過去二年期間，秉持著 總統環保信念，全力以赴。雖國家遭逢全球金融風暴，及莫克拉颱風重創南台灣等重大內外衝擊，在政府與全體國人的共同努力下，共計完成105項應辦事項（如附表），尤其在環境組織建置、環境教育立法、節能減碳、溫室氣體減量立法與推動、加強河川整治、廢棄物減量回收及清淨家園等，均有豐碩績效。
環保署表示，重要成果有：依據99年1月12日三讀修正之「行政院組織法」，環保署合併資源保育業務，正式升格成立「環境資源部」，並預定於101年掛牌啟動；99年5月18日完成環境教育法立法工作，使我國成為世界上少數將環境教育立法推動的國家，均為我國環境保護工作劃下新猷。訂定「環境影響評估公開說明會作業要點」及「環境影響評估公聽會作業要點」，推動資訊公開、落實民眾參與專家代表之「專家會議」機制，成功化解爭議，並推及其他環保爭議問題。
在減少溫室氣體排放方面，持續溝通加速「溫室氣體減量法」立法進度；支持「哥本哈根協定」，提報我國減量期程及目標（於2020年將GHG排放總量比BAU減少至少 30%）；訂定減碳目標為2020年回歸2005年排放水準，97及98年CO2排放量已呈負成長（-4.4%及-5%）。推動溫室氣體盤查登錄管理平台，已有250家廠商自願提報，占工業及能源部門排放量73％；加強國際碳權合作，規劃碳權交易與鼓勵企業減碳，自願減量達3,300萬公噸；公布台灣碳標籤成為全球第11個推動產品碳標籤制度之國家，完成產品碳足跡標示相關規定，目前共有5家7件產品申請產品碳足跡標籤證書。
推動建構低碳家園、推廣綠色運輸方面，積極推動低碳社區及城巿，已簽署「能源服務策略聯盟」與「電動車營運策略聯盟」，成功導入產業參與低碳社區建構之機制。推廣使用油氣（LPG）雙燃料車，至今已有21,000多輛，加氣站38站；減半徵收油電混合車貨物稅，提高民眾購買意願。
資源循環零廢棄方面，98年垃圾清運量較歷史最高(87年)減少52.44%、垃圾回收率達45.49%；推動全台焚化爐逐步轉型為造林植草及農業剩餘資材氣化發電的地區生質能源中心，並完成24座焚化廠效能評鑑工作，以利轉型；推動生態化環保科技園區，民間投資金額達186億元，總產值達342億元以上，更創造2,575餘人就業機會。
加速河川整治方面，全國河川未受污染長度比率由96年61.8％提升至67.2％，嚴重污染長度比率由6.7%降為5.9%；累積完成93處現地處理工程及高雄縣鳳山溪都會型河川復育整治工作；輔助改善河川水質及營造水岸活化，淡水河等9條重點整治河川之溶氧大於 2mg/l加權合格率達87.1%已超越98年82%目標，朝向不缺氧、不發臭、水岸活化之境界。
推動全民綠色消費方面，97及98年全國機關綠色採購金額合計139億元以上，98年綠色採購比率達90.4%超越88%之年度目標；輔導便利超商等販售業者8,600餘家門市轉型為綠色商店，使綠色採購不打烊，民眾隨處可買環保產品。
清淨家園部分，完成清淨家園顧厝邊綠色生活（Eco Life）網，推動環保志工全民總動員，執行村里、鄉鎮市區及縣市之各項複式動員工作，平均每日約10,579人次上網瀏覽，各縣市建立之部落格達1,057,564個，認養巡檢清理路線筆數資料407,197筆，達清淨家園美化環境之目標；推動「台灣公廁整潔品質提昇計畫」，列管4萬餘座公廁，全面推動公廁環境改善，至今優等級以上共有35,000多座。
環保署表示，展望未來，將竭盡所能，凝聚各界力量，持續貫徹 總統環境理念，堅守環保立場，促進社會共識，加速完成總統政見未完成事項，以維護台灣環境生態，營造健康永續社會，促進國家永續發展。