針對媒體錯誤引用世界衛生組織WHO適用飲用水之藻毒指引標準值1ppb，與本地水庫原水數據加以比對，並惡意混淆指責之錯誤報導，本署提出嚴正聲明要求澄清。
壹週刊13日報導石門水庫微囊藻毒之監測數據，以水庫表水樣本之數據與WHO適用飲用水之藻毒指引標準值1.0 ppb比對，是錯誤比對。經查其引用之表水數據係經濟部水利署「石門水庫水質監測與水域生態環境調查研究計畫」96年9月28日石門大圳取水口採取之表面水，表面水尚未經過自來水淨水廠處理，不應與飲用水適用之標準值相比較。本署於96年7月至10月間，亦採集石門水庫之相關淨水場處理後之清水(即飲用水)飲用水檢測，其藻毒測值則均低於0.004ppb偵測極限。
環保署自94年起即按季針對國內水庫藻毒進行監測，並採取預警措施，發現水庫水源表層水藻體所含藻毒超過WHO 飲用水指引之1ppb值，即通知相關淨水場採集處理後的清水(即飲用水)進行檢測，以確証淨水場功能正常。歷年均未在清水中檢驗出藻毒，因此民眾飲用水的安全可獲得保障。
有關媒體指稱本署「隱藏報告」乙節，事實上本署分別於94.4.8即針對國內37座水庫微囊調查結果發布新聞報告，並於96.3.8公布委託成大研究發展基金會，針對水質優養化較高之水庫與水質中微囊藻毒素濃度調查結果。此外，環保署環境檢驗所亦於96.11.13建立水庫微囊藻預警機制並於99.1.8，該所20周年所慶中揭櫫歷年相關之調查結果，希與學術研究各界人士，共同為國人飲用水安全把關。
針對壹週刊不詳察數據，錯用比對之標準，先行惡意指責本署，恐嚇民眾，造成社會不安。本署嚴正聲明，請其於下期以相同大小版面篇幅加以澄清，以導視聽，否則訴諸法律途徑處理。